使用Scanpy的基本操作

安装

pip install scanpy>>> import scanpy as sc

AnnData 对象

通过scanpy读取anndata对象：

• 通用读取函数：

adata = sc.read(filename,  # 文件路径或 URLbacked=None,  # 是否使用 backed 模式（懒加载）, 当文件是 .h5ad 时生效，只加载元信息而不加载全部矩阵数据sheet=None,   # 当文件是 Excel (.xlsx) 时，指定要读取的 工作表名称或索引ext=None,     # 手动指定文件扩展名delimiter=None,   # 指定文本文件（.csv、.txt、.tsv）的分隔符first_column_names=None   # 若为 True，则表示文本文件的 第一列 是行名（通常是基因名）
)

一般推荐用具体的 read_xxx() 函数（更安全）。

adata = sc.read_h5ad("your_data.h5ad")  # 读取 .h5ad文件,这是scanpy的原生格式
adata = sc.read_10x_mtx("data/filtered_feature_bc_matrix/")  # 读取 .mtx 目录
adata = sc.read_10x_h5("data/filtered_feature_bc_matrix.h5")  # 读取 .h5文件
adata = sc.read_csv("data/my_csv.csv")  # 读取 .csv文件
adata = sc.read_loom("data/sample.loom")  # 读取 .loom文件
adata = sc.AnnData(df)  # 从dataframe读取

一个 AnnData 对象包含四个主要部分：

属性	说明
adata.raw	原始矩阵（cells × genes）
adata.X	主矩阵（基因表达矩阵，细胞 × 基因）