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【材料学python入门】conda、 jupyter、cpu、GPAW、wsl、ubuntu

news 2025/10/9 8:27:06

Win10（无gpu）

安装Anaconda3

历史版本： https://repo.anaconda.com/archive/

查找：Anaconda3-2024.10-1-Windows-x86_64.exe

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配置环境变量

D:\Environment\anaconda3
D:\Environment\anaconda3\Scripts
D:\Environment\anaconda3\Library\bin

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创建环conda环境

conda create --name abtem12 python=3.12
conda activate abtem12
conda env list

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pycharm连接conda环境

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安装 jupyter、notebook

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conda activate abtem12
conda install jupyterlab  
conda install -c conda-forge notebook

python -m ipykernel install --user --name abtem --display-name "Python (abtem)"
jupyter kernelspec list

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右上角切换到abtem
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安装pytorch

conda activate abtem12
conda install pytorch torchvision torchaudio cpuonly -c pytorch

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from torch import __version__ 
print( __version__)

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Ubuntu22.04 （wsl备用）

直接微软应用商店下载 Ubuntu22.04
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安装Anaconda3

# 下载
cd ~
pwd
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh

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# 安装
sh Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh
# 输入q，跳过协议阅读
# yes
# 回车
# 等。。。
# 回车

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配置环境：

ubuntu22@Autumn:~$ echo 'export PATH="$HOME/anaconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
ubuntu22@Autumn:~$ source ~/.bashrc
ubuntu22@Autumn:~$ conda --version

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创建conda环境

conda create -n abtem39wsl python=3.9
conda activate abtem39wsl

如果报错： CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate'

# 初始化 conda
$HOME/anaconda3/bin/conda init bash

新开终端，看到有bash了，再次执行：conda activate abtem39wsl

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pycharm连接wsl

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右下角👇

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 conda install jupyterlabpython -m ipykernel install --user --name abtem39wsl--display-name "Python (abtem39wsl)"jupyter kernelspec listconda install -c conda-forge notebook

更换内核👇
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GPAW

conda下载

# 查找
conda search gpaw -c conda-forge
# 选22.1.0 py39是当前conda环境的py是3.9版本的
conda install gpaw=22.1.0=py39_mpi_mpich_omp_1 -c conda-forge

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测试

导包测试：
数据集测试：

pip install pytest
which gpaw
cd /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/bin/

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pytest --pyargs gpaw -n 16
pytest --version
pip install pytest-xdist
pytest --pyargs gpaw -n 16

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结束。

RuntimeError: Could not find required PAW dataset file “C.LDA”.

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因为路径里都是 C.LDA.gz 这样的压缩包，需要解压：

$ echo $GPAW_SETUP_PATH
# /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw$ cd /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw$ for f in *.gz; do gunzip -c "$f" > "${f%.gz}"; done$ ls -l C.LDA
# -rw-r--r-- 1 ubuntu22 ubuntu22 125417 Oct  8 09:26 C.LDA$ which python
# /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/bin/python$ python -c "import gpaw; print(gpaw.setup_paths)"
# ['/home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw']