差异基因分析实战：手把手教你用R语言找到关键基因

今天，我们将通过实际代码演示，手把手教你完成完整的差异基因分析流程。

准备工作

安装所需R包

# 设置CRAN镜像
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# 安装所需包
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("DESeq2", "edgeR", "limma", "ggplot2", "pheatmap", "ggrepel"))# 加载包
library(DESeq2)
library(ggplot2)
library(pheatmap)
library(ggrepel)

示例数据准备

我们将使用airway数据集作为示例，这是一个研究气道平滑肌细胞对糖皮质激素反应的RNA-seq数据集

# 加载示例数据
data("airway", package = "airway")# 查看数据基本信息
print(airway)
summary(assay(airway))

DESeq2差异分析完整流程

1. 数据预处理与DESeqDataSet创建

# 提取表达矩阵和样本信息
count_data <- assay(airway)
col_data <- colData(airway)# 确保样本信息一致
stopifnot(all(colnames(count_data) == rownames(col_data)))# 创建DESeqDataSet对象
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countD