E3Docker，一键解锁E3连接酶配体发现新纪元！

背景介绍

靶向蛋白降解（TPD）作为一种新兴的治疗策略，通过利用细胞内源性蛋白降解系统（如泛素-蛋白酶体系统和溶酶体）实现特异性靶蛋白清除，已成为药物开发领域的热点。在靶向蛋白降解领域，寻找高效、特异的E3连接酶配体是开发新型药物的关键。普美瑞生物科技专家技术团队针对这个问题，开发了一款免费在线计算工具E3Docker，以其卓越的性能和用户友好的界面，全面助力E3新配体发现！

工具介绍

 

E3Docker（https://e3docker.schanglab.org.cn/）服务器目前提供两大核心功能：E3连接酶搜索模块（用于用户指定E3酶的检索）和在线对接模块（用于预测潜在E3酶配体的结合构象及亲和力）。该数据库共收录1075种E3连接酶，涵盖3421个实验测定结构（其中1825个有配体结合，1596个无配体结合）及1053个AlphaFold预测结构。对于每个结构，服务器提供预配置的对接模型，其结合位点由天然配体或DeepPocket定义，共包含16,153个对接盒子。该服务器以CoDock-Ligand（该算法曾在CASP15中获得蛋白-小分子结构预测冠军，具有良好的对接准确性）作为对接引擎，最终输出打分前10的E3-配体复合结构。

工具优势

1. 海量数据，全面覆盖

• 1075种E3连接酶：E3Docker集成了来自多个权威数据库和文献的1075种人类E3连接酶，涵盖3421个实验确定的结构和1053个AlphaFold预测结构，为您提供最全面的E3连接酶资源库。
• 多样化结构：无论是apo形式还是复合物形式，E3Docker都能提供丰富的结构选择，满足您不同的研究需求。

2. 先进算法，精准预测

• CoDock-Ligand引擎：采用CASP15比赛冠军算法CoDock-Ligand作为对接引擎，结合深度学习评分函数，确保预测结果的准确性和可靠性。
• 智能口袋识别：利用DeepPocket技术自动识别药物结合口袋，即使在没有已知配体信息的情况下，也能精准定位潜在结合位点。

3. 应用广泛，助力TPD研发

• E3配体筛选：帮助科研人员快速筛选出能够与特定E3连接酶结合的小分子配体，加速TPD药物的发现进程。
• 案例验证：在CRBN和VHL等热门E3连接酶上的验证表明，E3Docker能够准确再现实验结构，预测结果与实际高度吻合。

4. 高效便捷，用户友好

• 在线对接平台：无需下载安装，上传结构文件即可在线计算，大大节省时间和资源。
• 可视化结果：提供3D可视化窗口，直观展示预测的结合姿势和亲和力评分，让结果一目了然。
• 详细报告：生成包含CNN结合姿势评分和CNN亲和力评分的详细报告，助您深入分析预测结果。

工具性能

 

通过构建CRBN结合剂基准数据集，系统验证了E3Docker的虚拟筛选性能。基于同一专利来源的51个高活性化合物（Kd<100 nM）与2550个DUD-E生成的诱饵分子，采用CRBN实验结构7BQV_A进行对接对比，结果如图所示。基于CoDock-Ligand算法得到的AUC值（0.95）较AutoDock Vina（0.56）提升显著，证明E3Docker在区分真实结合剂与非活性分子方面具有卓越的鉴别能力。该基准测试为E3连接酶配体筛选提供了可靠的方法学验证，证明了E3Docker的可靠性。

小结

E3Docker作为首个覆盖千余种E3连接酶的智能化对接平台，凭借其卓越的性能和友好的界面设计，成为了药物研发领域不可或缺的一部分。无论您是在从事基础研究还是产品开发，E3Docker都将为您提供重要支持。

参考文献

Yan K, He W, Pang M, et al. E3Docker: a docking server for potential E3 binder discovery[J]. Nucleic Acids Research, 2025: gkaf391.

https://mp.weixin.qq.com/s/D17dO9wjbwnikwgmala8hA