同分异构体

同分异构体简而言之就是分子式相同但是结构确不相同。

在多肽合成中出现同分异构体，其核心原因几乎完全源于一个关键问题：氨基酸手性中心的外消旋化。也就是就是在合成反应的过程中，原本具有光学活性的L-型氨基酸的α-碳手性中心发生了构型翻转，产生了其镜像分子——D-型氨基酸。这使得最终产物不再是单一构型的多肽，而是包含目标L型肽和非目标D型肽同分异构体的混合物，D型和L型氨基酸是多肽合成中常见的同分异构体。

主要原因与发生机制

多肽合成（尤其是固相合成）中，外消旋化主要发生在氨基酸的活化和偶联这两个步骤。其根本机制是α-氢的酸性在活化过程中被大幅增强，使得它容易被碱夺取，形成一个平面结构的负离子或烯酮中间体，从而失去了手性。随后质子化时，会从平面两侧随机进攻，导致产生外消旋混合物。

哪些氨基酸容易发生外消旋化？

• 高风险：半胱氨酸（Cys）、组氨酸（His）、苯丙氨酸（Phe）
• 中等风险：丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）、酪氨酸（Tyr）、精氨酸（Arg）（当胍基保护不当时）
• 低风险：甘氨酸（Gly）（无手性中心，无外消旋问题）、丙氨酸（Ala）、缬氨酸（Val）、亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（Ile）

另外有的小伙伴会觉得同分异构体影响了多肽的活性，但是影响活性的原因有很多，大部分可能因为水分、盐分，甚至于多肽的整体肽含量有关系，并不是单一的同分异构体原因。