【科研绘图系列】R语言绘制代谢物与临床表型相关性的森林图
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文章目录
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- 介绍
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- 数据准备
- 数据处理
- 绘图
- 结果解释
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 数据预处理
- 画图
- 总结
- 系统信息
介绍
森林图是一种常用于展示多个研究结果的图形表示方法，尤其在系统评价和Meta分析中广泛应用。在代谢组学研究中，森林图可以用来直观展示不同代谢物与特定临床表型（如疾病状态）之间的相关性分析结果。本研究中，我们使用R语言中的ggplot2包绘制了一幅森林图，以展示特定代谢物与三种不同临床比较（RA vs. Health, RA vs. IAR, IAR vs. Health）之间的相关性。
数据准备
首先，我们从CSV文件中读取了GEE（广义估计方程）分析的结果，该结果包含了多个代谢物与临床表型之间的相关性分析数据。我们选择了特定的代谢物进行分析，包括Arachidonic acid, 12-HETE, 13-HODE, NAD, Oxidized glutathione, Cystine, 6-Methyladenosine, S-Adenosylmethionine, Methionine等。
数据处理
数据处理步骤包括选择特定的列（估计值、置信区间下限和上限），并将数据从宽格式转换为长格式，以便于ggplot2进行绘图。此外，我们还对比较类型进行了重编码，使其更易于