Packmol聚合物通道模型建模方法

大家好，我是小马老师。

本文介绍lammps聚合物通道模型的建模方法。

常规的晶体通道模型是先建一个整体结构，然后通过删除原子的方式实现通道或者壁面模型。

但是，对于聚合物相关的体系来说，先建模再删掉原子的方式容易形成断键，如果把整个分子删掉，又会造成通道不光滑。

用packmol建模可以完美的解决这个问题，在packmol中，可以任意指定分子的填充区域。

如下面的模型，可以使用outside关键词，设置分子的填充区域在圆柱区域之外，这样就可以得到中空的通道模型。

packmol代码如下：

tolerance 2.0 
filetype pdb
output out.pdb
structure palmitoil.pdb number 1500inside box 0. 0. 0. 80. 60. 60.outside cylinder 0 30 30 1 0 0 10 80
end structure