空转 | GetAssayData doesn‘t work for multiple layers in v5 assay.

问题分析

当我分析多个样本的时候，而我的seurat又是v5时，通常就会出现这样的报错。

错误的原因有两个：

一个是参数名有slot变成layer

一个是GetAssayData 不是自动合并多个layers，而是选择保留。

那么如果我们想合并多个样本，并提取计数矩阵咋办呢？

解决办法：

我是使用这个进行两个seurat合并

sce.big <- merge(sceList[[1]],
                 y = c(sceList[[2]]),
                 add.cell.ids = samples,
                 project = "Rn")

但是虽然两个seurat合并了，但layer没有合并

为了方便后面的分析，核心解决办法是这个

# 使用 JoinLayers 函数合并多个图层
sce.big <- JoinLayers(sce.big)
# 使用 LayerData 函数提取合并后的计数数据
c <- LayerData(sce.big, assay = "RNA", layer = "counts")

亲测有效！

提供个链接给大家参考：

https://github.com/satijalab/seurat/issues/7985#issuecomment-1806483174