【更新至 91 个】分子动力学模拟 + 数据处理程序
【2】分子动力学模拟 + 数据处理程序
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viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 + 分析 X 射线和中子结构因子
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freud 程序: 用于原子模拟数据的高通量分析
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HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布
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DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度（一）
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分子动力学模拟—LAMMPS 模拟（固体和液体）数据后处理软件（六）: mdapy
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分子动力学模拟—LAMMPS 液体模拟数据后处理软件（五）: LiquidLib
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（四）: Lindemann Index
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H-A键对分析程序strfac ：分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（三）
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件（二）
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分子动力学模拟—LAMMPS 数据后处理软件
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LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）
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LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软件（一）
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键序参数分析程序——Bond Order Parameters
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一个用于分析轨迹文件（LAMMPS）的VMD插件：可分析数密度、质量、电荷和电子分布
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晶体结构轨迹（VASP、LAMMPS）分析后处理程序 ISAACS
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安装教程：结构轨迹后处理程序ISAACS
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TPMD 程序：利用分子动力学轨迹研究速率过程并进行温度编程分子动力学计算的工具包
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【程序分享】bop 程序 ：分子动力学模拟中进行键序参数分析—Bond Order Parameters（一）
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【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）
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【程序分享】AACSD 程序: 用于晶体结构和缺陷的原子分析平台
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【程序分享】AADIS 程序：位错特征和分布的原子分析平台
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【程序分享】SPaMD studio 程序：（VASP + LAMMPS） 原子建模、模拟、分析和可视化的集成平台
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【程序分享】CMS：图神经网络 + 形状记忆合金 + 马氏体变体 + 识别方法
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【程序分享】分子动力学 + 原子模拟 + LAMMPS + 结构识别方法
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【程序分享】ERSN-OpenMC-Py 程序：基于 python 的 OpenMC Monte Carlo 开源代码
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【程序分享】LaSCA 程序：分子动力学模拟中复杂系统微观结构的可视化分析工具
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【程序分享】kMCpy 程序：一个使用动力学蒙特卡罗模拟固体输运性质的 python 包
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【程序分享】Pytim 程序：用于分子模拟界面分析的 python 包
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【程序分享】dynasor 程序：一种从分子动力学模拟中提取动力学结构因子和电流相关函数的工具
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【程序分享】LiquidDiffract 程序 : 液体全散射分析软件
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【程序分享】MolTwister 程序：分子系统构建、操作和统计力学计算工具
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【程序分享】分子动力学模拟中晶体材料中自填隙原子和空位的识别
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【程序分享】GenEvaPa 程序：用于在分子动力学模拟中模拟蒸发的通用蒸发包
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【程序分享】DynDen 程序：评估界面分子动力学模拟的收敛性
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【程序分享】（VoroTop 程序 + Vorotis 程序 + ParVoro++ 程序 ）结合 OVITO 程序
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【文献分享】JCTC：用于原子模拟中结构分类的轻量级可扩展堆叠框架
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【程序分析】用于任意表面上的粒子组装的基于物理的曲面细分算法
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【程序分享】PyL3dMD 程序：Python LAMMPS 3D 分子描述符包
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【程序分享】ScaleLat 程序：一种用于绘制多相体系和高熵合金原子结构的化学结构匹配算法
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【程序分享】LATBOLTZ 程序：LAMMPS 中三元格子玻尔兹曼模型的实现
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【程序分享】Sarkas 程序：用于等离子体物理的快速纯 python 分子动力学套件
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【程序分享】CLEAVING 程序：用于计算表面自由能的 LAMMPS 软件包
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【程序分享】PyLAT 程序：基于 Python 代码的 LAMMPS 数据处理工具
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【程序分享】(py)LIon 程序：用于模拟捕获原子轨迹的 LAMMPS 软件包
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【程序分享】VIAMD 程序：分子动力学可视化交互式分析软件
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【程序分享】TTClust 程序：具有图形界面的多功能分子模拟轨迹聚类程序
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【程序分享】EAPOTc 程序：复合固体的综合经验原子间势优化平台
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【程序分享】EAPOTs 程序：单一元素固体的综合经验原子间势优化平台
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【程序分享】Warren Cowley Parameters 程序：表征短程有序的化学基序
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【程序分享】VMD Store：发现和安装 VMD 扩展的插件
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【程序分享】ContactAngleCalculator 程序：用于分子动力学中接触角估计的自动化、参数化和灵活的代码
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【程序分享】Molcontroller 程序：具有分子操纵功能的 VMD 图形用户界面
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【程序分享】BOPcat 程序：用于构建和测试紧束缚模型和键序势
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【程序分享】Lindemann 程序：从 LAMMPS 的 dump 文件计算 Lindemann 系数
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【程序分享】Atomes 程序（分子动力学）：3D原子模型的分析、可视化和编辑
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【程序分享】TRAVIS 程序：用于分析和可视化各种分子动力学或蒙特卡罗模拟的轨迹
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【程序分享】Jmol 程序：a molecular viewer for 3D chemical structures
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【程序分享】CDFTPY 程序：用于执行分子液体经典密度泛函理论计算的 python 包
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【程序分享】FitSNAP 程序：使用 LAMMPS 进行原子机器学习
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Dragon 程序：用于热致密物质建模的多 GPU 无轨道密度泛函理论分子动力学模拟软件包
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PyHEA 程序： 基于短程有序的高熵合金超快速大规模建模 Python 的工具包
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ClasSOMfier 程序：一种用于聚类分析和晶格缺陷检测的神经网络工具
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MultiSOM 程序：分子动力学模拟中晶体结构局域构型识别方法
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DefAP 程序：用于分析结晶固体中点缺陷的 Python 代码
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METAGUI 3 程序：用于在分子动力学模拟中选择集体变量的图形用户界面
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Asparagus 程序：一个用于机器学习势能面构建的工具包
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Scymol 程序：一个基于 python 的软件包，用于使用 LAMMPS 初始化和运行分子动力学模拟
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GALAS 程序：一种强大量化、自动化、可追踪的缺陷分析方法，填补了传统CNA、PTM等方法在动态演化分析上的不足
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HopDec 程序：【一键生成】复杂材料中缺陷迁移数据的自动化工具
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SEAMM 程序：让原子分子模拟[一键搞定]的开源图形化工作流平台
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GTS 程序：助力精准预测行星内部材料的熔化行为
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NepTrainKit 程序：面向神经演化势函数的自动化主动学习及可视化工具包
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MDRefine 程序：用于使用实验数据优化分子动力学轨迹
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BELLO 程序：一键分析无序材料结构的开源代码
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Magic v.3 程序：一键可完成复杂分子体系的“粗粒化”建模的工具包
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Correlation 程序： 一款高性能、用户友好的材料结构性质计算与分析工具，可用于液体、非晶固体及晶体结构原子模拟的代码
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NVNMD-v2 程序：深度学习分子动力学模型
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NCPac 程序：一款用于分子动力学、蒙特卡洛及其他粒子模拟输出位点文件的工具包
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HRMC 程序：一种原子级蒙特卡洛建模代码
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PorosityPlus 程序：一款基于蒙特卡洛积分方法的孔隙表征分析工具，用于计算材料的孔隙率、内表面积及孔径分布
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TRAVIS 程序：一款强大且开源的分子模拟轨迹分析工具
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DJMol 程序：一款强大的开源计算化学与材料科学建模平台
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ASE-MC 程序：面向第一性原理与机器学习原子间势函数的蒙特卡洛模拟Python库
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PSTHEA 程序：用于计算高熵合金（HEAs）的热力学及结构特性
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JARVIS 程序：一个用于多尺度、多模态、正向和逆向材料设计的统一平台