nnUNetv2

基础

医学图像分割 nnUNetV2 分割自定义2d数据集

补充

1. 数据转化

Python /root/nnUNet-master/nnunetv2/dataset_conversion/Dataset120_RoadSegmentation.py

1. 数据预处理

nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 001 --verify_dataset_integrity

1. 训练

nnUNetv2_train 110 2d 5

1. 获取推理模型

#每次需要修改这里面的参数

/anaconda3/envs/a/lib/python3.11/site-packages/nnunetv2/evaluation

指定交叉验证的折数和模型的类型！！！！！！

nnUNetv2_find_best_configuration  2 -c 2d -folds 5

1.  预测

nnUNetv2_predict -d 110 -i INPUT_FOLDER -o OUTPUT_FOLDER -f  5 -tr nnUNetTrainer -c 2d -p nnUNetPlans

1. 修复

命令+输入路径（预测结果）+输出路径 -pp_plk_file 训练参数下的pkl文件 np 并行数   -plans_json 训练参数下的json

nnUNetv2_apply_postprocessing -i /root/nnUNet/data/Dataset002_PLDU/ -o /root/nnUNet/data/Dataset002_PLDU_pp  -pp_pkl_file /root/nnUNet/nnUnet_results/Dataset002_PLDU/nnUNetTrainer__nnUNetPlans__2d/cr

ossval_results_folds_5/postprocessing.pkl -np 8 -plans_json /root/nnUNet/nnUnet_results/Dataset002_PLDU/nnUNetTraine

r__nnUNetPlans__2d/crossval_results_folds_5/plans.json