【文献速递】基于minigene技术解析PTBP3介导IL-18可变剪接的分子机制

上海交大医学院Zhao等人发表于Advanced Science的“PTBP3 Mediates IL-18 Exon Skipping to Promote Immune Escape in Gallbladder Cancer”研究通过整合RIP-seq/qPCR与minigene技术，系统阐明了RNA结合蛋白PTBP3在胆囊癌中调控IL-18外显子3跳跃的分子机制。本文重点解析如何利用上述技术联用，精准定位RBP结合位点并功能验证其介导的RNA剪接事件，为肿瘤相关剪接变异研究提供方法学范式。

一、研究背景

IL-18作为免疫激活关键细胞因子，其前体mRNA在胆囊癌中发生外显子3跳跃，生成缺失4个氨基酸的肿瘤特异性异构体ΔIL-18。该异构体通过抑制FBXO38转录，减少PD-1泛素化降解，介导CD8+T细胞功能衰竭。然而，调控IL-18外显子3跳跃的转录后机制尚不明确，尤其缺乏直接证据证实特定RBP的结合与功能因果关系。

二、技术路线设计

为回答“PTBP3是否直接结合IL-18 pre-mRNA并驱动外显子3跳跃”，作者构建以下实验路径：

①利用与RIP-seq和RIP-qPCR鉴定PTBP3在全转录组水平的结合位点；

②构建IL-18外显子2-3-4 minigene报告质粒，在细胞水平模拟并量化剪接选择。

三、实验结果

（1）RIP实验：用抗PTBP3抗体做RNA免疫沉淀；证实PTBP3可直接结合IL-18前体mRNA，结合位点位于内含子2区域。

（2）FISH + IF共定位：用荧光原位杂交（FISH）标记IL-18前体mRNA；用免疫荧光（IF）标记PTBP3蛋白；显示PTBP3与IL-18 pre-mRNA共定位于细胞核；支持PTBP3直接参与IL-18 的剪接调控。

（3）minigene实验：构建包含IL-18外显子3及其上下游内含子的minigene；转染细胞后观察剪接结果；PTBP3过表达促进外显子3被跳过（ΔIL-18增加），突变PTBP3结合位点后此效应消失。

图 PTBP3调控IL-18 pre-mRNA可变剪接（Zhao et al., 2024）。

参考文献

Zhao C, Zhao J, Zhang Y, et al. PTBP3 Mediates IL‐18 Exon Skipping to Promote Immune Escape in Gallbladder Cancer[J]. Advanced Science, 2024, 11(38): 2406633.