构效关系(Structure-Activity Relationship, SAR)分析的标准方法:R基团结构解析
R基团结构解析是用于寻找中心结构片段(或分子骨架)并识别中心结构片段上各个位置的取代基的检索功能。提问分子结构包括分子骨架和通过R基团表现的取代基和连接位点,产生的R基团结构解析表格函数进一步进行分析,通过生成SAR构效关系表可以快速浏览不同R基团取代基对化合物生物活性的贡献。
一、RGD基础:核心概念与环境准备
RGD的核心逻辑是将一系列结构相似的分子,拆解为公共母核(Core) 和不同的取代基团(R-Group),从而清晰对比基团差异与活性的关联。在开始前,需先配置RDKit环境并导入必要模块。
1.1 环境配置与模块导入
首先确保RDKit版本为2022.09.1及以上(本文基于该版本演示),然后导入核心工具库:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw, PandasTools
from rdkit