如何使用orthofinder进行同源基因鉴定

目录

一、什么是 OrthoFinder？

二、安装 OrthoFinder

1.  环境准备

三、准备输入数据

1. 命名规范建议：

2. 蛋白质序列的格式要求：

四、运行 OrthoFinder

可选参数（推荐）：

五、输出文件解析

核心文件说明：

六、常见应用举例

七、进阶技巧（选读）

八、小贴士 & 常见坑

九、总结一句话

十、参考资料

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适用对象：想要做多物种基因组比较、同源基因鉴定、基因家族分析的小伙伴，无论你是科研老鸟还是刚入门的新生信er！

一、什么是 OrthoFinder？

OrthoFinder 是一款专门用于不同物种间同源基因（orthologs）和基因家族（orthogroups）识别的工具，支持多线程，速度快，结果丰富，非常适合做系统发育分析、基因家族进化等研究。

二、安装 OrthoFinder

1.  环境准备

推荐使用 Conda 安装，简单又干净：

conda create -n orthofinder_env python=3.8
conda activate orthofinder_env
conda install -c bioconda orthofinder

也可以用 pip install orthofinder，但可能缺依赖。

三、准备输入数据

OrthoFinder 需要你提供一个目录，里面放多个物种的蛋白质序列文件（FASTA 格式）。

1. 命名规范建议：

• 每个物种一个 .faa 或 .fasta 文件。

• 文件名会作为物种名使用，尽量简洁清晰，比如：

data/
├── Human.faa
├── Mouse.faa
├── Zebrafish.faa