开源版 PyMOL 如何绘制 Galidesivir 分子结构 ？

参阅：开源版PyMol安装保姆级教程

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pip show pymol
简介: PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。

先从 www.python.org 下载 python-3.11.9-amd64.exe
在 Win 10 上安装在 D:\Python311
cd D:\Python311
python.exe -m pip install --upgrade pip

pip install \pyMol\numpy-1.22.4+mkl-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install \pyMol\pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl

D:\Python311> pip install pyqt5
Successfully installed PyQt5-Qt5-5.15.2 PyQt5-sip-12.17.0 pyqt5-5.15.11

安装成功之后 PyMOL.exe 在 D:\Python311\，右键点击发送到桌面快捷即可。

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PyMOL 如何绘制 galidesivir 分子结构 ？

要在 PyMOL 中绘制 galidesivir（一种抗病毒核苷类似物）的分子结构，可以按照以下步骤操作：

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方法 1：从 PubChem 直接加载（推荐）

1. 获取 PubChem CID
   Galidesivir 的 PubChem CID 是 135565784（可通过 PubChem 页面 确认）。

2. 在 PyMOL 中执行命令
   打开 PyMOL，在命令输入栏运行：

   fetch 135565784, type=sdf, async=0
   

   • fetch：从在线数据库下载结构
   • type=sdf：指定文件格式为 SDF（PubChem 的默认小分子格式）
   • async=0：同步加载（等待下载完成）

3. 优化显示效果
   加载后执行以下命令优化显示：

   # 显示球棍模型
   show sticks
   show spheres# 调整样式
   set stick_radius, 0.1
   set sphere_scale, 0.2# 按原子类型着色
   util.cbag# 添加背景和标签
   bg white
   set label_size, 20
   

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方法 2：手动导入结构文件

1. 下载结构文件

   • 访问 Galidesivir 的 PubChem 页面
   • 点击 “Download” → 选择 SDF 或 PDB 格式保存（如 galidesivir.sdf）。

2. 在 PyMOL 中导入文件

   # 加载文件
   load /path/to/galidesivir.sdf# 或使用图形界面：
   # File → Open → 选择下载的文件
   

3. 调整显示样式（同方法 1 步骤 3）
   
   

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方法 3：使用 SMILES 字符串构建

1. 获取 SMILES 字符串
   Galidesivir 的 SMILES：

   C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O
   

2. 在 PyMOL 中生成结构
   运行以下脚本：

   # 生成分子对象
   smiles = "C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O"
   cmd.create("galidesivir", smiles)# 优化几何结构（可选）
   cmd.clean("galidesivir")# 显示样式
   show sticks, galidesivir
   util.cbag
   

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常见问题解决

• 结构不显示？
  确保已执行 show sticks 或 show spheres。

• 原子重叠/扭曲？
  用 cmd.clean("对象名") 优化几何结构。

• 文件格式错误？
  优先使用 SDF 格式（PDB 格式可能丢失键合信息）。

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通过以上任一方法，即可在 PyMOL 中清晰展示 galidesivir 的分子结构。推荐 方法 2（直接手动下载 *.sdf文件，再打开文件，显示3D。