python：在 PyMOL 中如何查看和使用内置示例文件？
参阅：开源版PyMol安装保姆级教程
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pip show pymol
简介: PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。
可视化示例：打开 PyMOL后，点击 Wizard菜单，选择 Demo->Representations，可以看到各种可视化示例，如 Cartoon、Ribbons、Roving Detail 等
在 PyMOL 中查看和使用内置示例文件
（位于 D:\Python311\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\examples）有以下几种方法：
方法 1：通过 PyMOL 命令行直接访问示例
- 打开 PyMOL
- 在命令输入栏执行：
cd D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examples - 查看目录内容：
ls # 列出所有示例文件和目录
方法 2：加载特定示例文件
# 加载示例 PDB文件
# 小肽链结构
load D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/data/demo/pept.pdb
# 加载示例.sdf文件
load "D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examples/devel/demo.sdf"
# 运行示例脚本
fetch 1DN2
run D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examples/cookbook/contact.pml
方法 3：使用图形界面浏览
- 点击菜单栏 File > Open
- 导航到路径：
D:\Python311\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\examples - 选择要打开的文件类型：
.pdb：分子结构文件.pml：PyMOL 脚本文件.pse：PyMOL 会话文件
方法 4：在 PyMOL 中直接调用内置示例
PyMOL 有预定义的快捷方式访问示例：
# 加载肽链示例
fetch pept# 加载DNA/RNA杂交示例
fetch dna-rna# 加载1hpv结构
fetch 1hpv
常见示例文件及用途：
| 文件名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
pept.pdb | PDB | 小肽链结构 |
dna-rna.pml | PML | DNA/RNA杂交结构脚本 |
1hpv.pdb | PDB | 人乳头瘤病毒E2蛋白 |
movies.pml | PML | 动画制作示例 |
surface.pml | PML | 表面渲染示例 |
coloring.pml | PML | 高级着色技术 |
实用技巧：
-
查看示例脚本内容：
print(open("D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examples/dna-rna.pml").read()) -
批量运行所有示例（不推荐，仅用于测试）：
import glob for script in glob.glob("D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examples/*.pml"):cmd.run(script) -
创建快捷命令：
def ex():cd D:/Python311/Lib/site-packages/pymol/pymol_path/examplesls# 以后只需输入 ex() 即可访问示例目录
注意事项：
- 路径中的反斜杠
\在 PyMOL 中需改为正斜杠/或双反斜杠\\ - 管理员权限：如果遇到权限问题，以管理员身份运行 PyMOL
- 文件类型说明：
.pdb：直接加载的结构文件.pml：包含 PyMOL 命令的脚本.pse：保存完整会话状态的文件
提示：PyMOL 启动时会自动加载一些内置示例，您可以在对象列表中看到
pept等默认示例对象。
通过以上方法，您可以充分利用 PyMOL 自带的示例文件学习各种可视化技术，这些示例是掌握 PyMOL 高级功能的绝佳学习资源。
PyMOL Cookbook是一个包含各种PyMOL操作技巧和示例的指南，
旨在帮助用户更高效地使用PyMOL进行分子建模和可视化。
以下是PyMOL Cookbook的使用指南：
安装和配置
安装Python环境：确保已安装最新版本的Python。在安装过程中，务必勾选“Add Python to PATH”选项，以便后续操作。
安装 PMW模块 ：通过命令python -m pip install pmw安装PMW模块，如果权限不足，可以使用–user 选项。
安装 NumPy模块 ：下载NumPy文件后，通过命令python -m pip install c:\path\to\numpy-file.whl 进行安装。
安装 MKL模块 ：下载MKL文件后，通过命令python -m pip install c:\path\to\mkl-file.whl 进行安装。
基本操作和命令
1.打开和保存日志文件：使用命令 log_open log-file-name.pml 来创建日志文件，使用log_close来关闭日志文件。例如，log_open my_log.pml 和log_close 。
2.加载PDB文件：使用命令 load filename.pdb来加载PDB文件。例如，load 2vlo.pdb将加载名为 2vlo.pdb的文件。
3.显示和隐藏表示：使用命令 show representation和hide representation来显示和隐藏不同的表示方式，如cartoon、ribbon、dots、spheres等。
4.选择和操作对象：使用命令 select selection_name, selection_criteria来选择对象，然后使用hide representation, selection_name来隐藏选中的对象。
高级功能和技巧
1.窗口拆分和合并：在PyMOL2中，可以使用快捷键Ctrl+E来拆分和合并窗口。这有助于更好地组织工作空间。
2.可视化示例：打开PyMOL后，点击Wizard菜单，选择Demo->Representations，可以看到各种可视化示例，如Cartoon、Ribbons、Roving Detail等。
3.工作目录设置：通过菜单 File->Working Directory->Change 可以查看和设置工作目录。工作目录用于确定文件的打开和保存位置。
通过以上指南，用户可以更好地掌握PyMOL的基本操作、高级功能和技巧，提高分子建模和可视化的效率。