【科研绘图系列】R语言绘制微生物箱线图（box plot）

禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者!

介绍

本分析旨在比较两个特定细菌门——Bacillota_A和Pseudomonadota在不同样本中的比例以及它们在氨基酸和碳源数量上的差异。首先，我们从样本元数据中筛选出映射率不低于50%且丰富度大于10的样本，以确保数据质量。然后，从覆盖度矩阵中提取这些样本的相关数据，并将其转化为二进制矩阵，其中非零元素被替换为1，表示存在相应的分类单元。

接下来，我们从门水平的分类数据中提取了Bacillota_A和Pseudomonadota的分类单元，并计算了每个样本中这两个门的相对丰度。这一步骤通过遍历样本并使用集合交集来完成。生成的丰度数据被整理成数据框，并用于后续的可视化分析。

在可视化部分，我们使用了ggplot2包来绘制箱线图，比较两个细菌门在样本中的相对丰度。箱线图清晰地展示了数据的分布情况，包括中位数、四分位数和异常值。我们还添加了显著性标记，以突出两个门之间的统计学差异。

此外，我们还比较了两个细菌门在氨基酸和碳源数量上的差异。这同样通过箱线图来实现，显著性标记帮助我们理解这些差异是否具有统计学意义。整个分析流程集成了数据筛选、处理、统计测试和可视化，为理解这两个细菌门的特征提供了全面的视角。

加载R包

library(tidyverse)
library(ggsignif<