指定列交集内容合并-Rscript_v1.0

摘要

有的小伙伴有两张表格（本次只用xlsx格式的），然后想根据两张表格中指定列，比如基因名之类的，然后把两张表中共有基因的信息合并在一起，方便查看，避免两张表中间反复横跳，但奈何不知道怎么弄，最终只能是手动硬肝。

比如两张表：

然后需要交集基因的信息合并：

下面给小伙伴一个R小脚本，自己电脑安装一个R和一个Rstudio软件（都是免费的，别被某些教程给骗了，直接去官网下载正版，是免费开源软件，科研友好），然后把脚本复制过去就能用。

提示

请各位会生信的大佬绕路，本脚本只是一个菜鸡写来帮助小伙伴节省一点时间和精力的，如有不屑，请移步，谢谢！当然了，要是有想补充的，荣幸之至哦！

一、先下载安装R

R软件下载地址：

The Comprehensive R Archive Network

https://cran.r-project.org/

要是地址失效，就直接浏览器搜索R就行，一下子就出来了：

用啥浏览器都是一样的，不用纠结，点进去就是下面这样，你的电脑是什么系统，对应安装就好了 ：

安装的话，就像安装微信/QQ之类软件是一样的方法，不熟悉的话就一键安装到底。额外建议：如果能操作的，可以在C盘以外的磁盘新建一个英文名（无特殊字符/符号）文件夹，然后将R安装在里面。

二、然后安装Rstudio

Rstudio下载官网：Download RStudio - Posit

https://posit.co/downloads/

或者直接浏览器搜 Rstudio:

​

不同电脑/浏览器/浏览器版本可能展示有点差异，不过问题不大，找打下载就行，不用纠结那么多 。然后安装也是一键式安装，熟悉电脑的可以把它和上面的R安装在一个文件夹下，方便后续有时候手动下载R包存放等处理。

安装好后，可能在桌面看不到Rstudio的软件图标，直接在你电脑的搜索框里面搜Rstudio，然后打开文件所在位置，将他发送到桌面就好了：

​

​

细心的小伙伴看到截图左上角的kimi了吧，刚开始学习时候，要一个一个函数变量之类的敲哦，后续熟悉了，想偷懒就把需求丢给AI，让他给你些写，然后自己纠正和优化一下就好了，是不是很方便。

​

简单吧，到这里软件就都安装好了。

三、脚本转移术

打开Rstudio软件：：

你打开后可能是这样的界面：

​

是不是有点懵，下一步该咋弄，跟我用鼠标一起点点点：

​

你要是熟悉了，就直接ctrl+shift+N，一样的目的，都是为了新建一个写代码的面板 ：

​

然后将下面的代码粘贴进去：

# 安装R包，如果安装了就不用再弄，跳过即可
install.packages("readxl")
install.packages("dplyr")
install.packages("writexl")# 加载包
library(readxl)
library(dplyr)
library(writexl) # 需要填写的内容
table1 <- "table1.xlsx" # 引号中填第一张表名字+文件格式
table2 <- "table2.xlsx" # 引号中填第二张表名字+文件格式
output_file <- "merged_result.xlsx" # 合并后保存文件名字
key_col <- "Gene Name" # 指定列列名df1 <- read_excel(table1, sheet = 1)
df2 <- read_excel(table2, sheet = 1)# 查看前5内容
print(head(df1, 5))
print(head(df2, 5))# 合并
merged <- inner_join(df1, df2, by = key_col)# 查看合并后结果
View(merged)# 保存结果
write_xlsx(merged, output_file)

然后ctrl+S保存，比如命名为Merge.R，保存位置你自己记得就行，然后关掉软件（直接叉掉就行）。

下一步，就是将保存的这个Merge.R脚本复制粘贴到一个特定的文件夹，这个文件夹中有需要进行交集合并的两个表格。

表格和脚本都丢附件里了，需要的自行下载或者私聊我发你（好像博客需要会员才能下载，多少有点离谱）。

table1和table2换成你自己的两张表格就好了，注意要根据某列进行合并的话，需要两张表中具有相同的指定列列名才行：

示例table1:

示例table2:

以“Gene Name”列为标准，将两张表中具有相同基因名的行信息进行合并：
双击上面的那个Merge.R脚本，会自动进入Rstudio，类似这样的：

红色框这里显示的就是脚本名字（因为我写得有其他脚本，所以会有很多个，忽略一下哈），第一次运行的话，我猜很多小伙伴都没有安装过分析包（蓝色宽是用到的包，第一次需要安装一下），先别急，看下去先。

开始运行脚本前，先设置一下黄色框中的信息，table1和table2后面的引号中分别是填两张表的文件名，注意格式只支持xlsx；output_file后面的引号中填你想将合并结果文件保存为什么名字；key_col后面的引号中填写根据哪一列进行交集合并。名字那些尽量别中文，全英文无特殊符号是最好的。

因为是第一次安装软件和运行，所以你直接将所有代码选中（ctrl+A也行），然后点击紫色框的Run（或者ctrl+enter也是一样的），代码就会全部运行，软件收到你给的指令开始安装分析所需要的R包（包很难理解的话，你可以理解为插件），安装后加载这些包，然后开始分析你给的数据，并将分析结果保存到当前文件夹里面（黑色标记）：

给小伙伴看一下结果里面样子吧，是不是和上面的交集基因名和每个基因的信息是对称的：

好了好了，首次运行就完美结束了！！！

用完直接关闭软件（叉掉）就好了，下次要分析时候，直接将脚本和对应的表格复制粘贴 在一个文件夹里面，然后双击打开脚本，设置好黄色框里面的内容，然后将绿色框内容全部选中，直接运行就好了（蓝色框就不用运行了，因为你前面已经安装过这个R包了，这里只需要加载包即可）。

怎么样，比手动一个一个的去查找要省力一些吧？而且：

如果你要合并的表格很多，或者格式是txt、csv、TSV、xls等时候，你直接将这个代码丢给 AI，让AI给你改一下，你就可以拿来测试和使用了甚至你不想每次都弄代码之类的，也可以让AI给你将这个代码封装好，弄成一个可执行的文件之类的，直接双击就可以用。（建议敲敲代码吧，这个比较简单，学两下，然后结合AI，可以延伸出很长的路）。

四、其他

如果有其他需求，或者弄不来的，可以@我或者私信，我看到消息后帮你解决哦（简单的相互学习，复杂/麻烦的请勿打扰哈哈，小卡拉只是一个学习性质的小菜鸡 ，难堪大任）