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Mychem在Ubuntu 24.04 平台上的编译与配置

news 2025/10/23 7:40:45

Mychem简介

Mychem 是一个面向 MySQL 和 MariaDB 数据库的开源化学信息学扩展模块，基于 GNU GPL 许可发布。该扩展通过在数据库中提供一系列化学信息学函数，使用户能够在 SQL 查询环境中直接操作和分析化学数据。

Mychem 构建于 Open Babel 工具包之上，支持在数据库中执行分子搜索、结构分析以及格式转换等操作，从而实现对分子信息的高效管理与检索。研究人员可以利用 SQL 语句直接进行子结构匹配、相似性搜索以及分子格式（如 SMILES、InChI）的互相转换，而无需借助外部程序。

Mychem 的 SQL API 设计理念与其他基于 Open Babel 的项目（如 Pgchem::tigress（PostgreSQL 平台）和 OrChem（Oracle 平台））保持一致，为不同数据库系统提供了统一且易用的开发体验。

官方在线文档提供了完整的安装说明、使用示例以及函数接口描述，并展示了 Mychem 在大规模化学数据库管理与计算化学研究中的广泛应用潜力。

获取 Mychem

Mychem 的稳定版本以压缩包（ZIP 或 TAR）形式发布在 GitHub 的 Release 页面，也可以直接通过 Git 克隆源码仓库。

获取最新稳定版本（v2.0.0）

wget https://github.com/mychem/mychem-code/archive/refs/tags/v1.0.0.tar.gz 
tar -xf mychem-1.0.0.tar.gz

或直接从 Git 仓库克隆开发版：

git clone https://github.com/mychem/mychem-code.git
cd mychem-code

系统与软件依赖

要成功编译并安装 Mychem，需要以下程序与库文件：

组件	要求	安装方式（Ubuntu）
C/C++ 编译器	GNU GCC（推荐）	已预装或使用 `sudo apt install build-essential`
CMake	≥ 2.6.0	`sudo apt install cmake`
MySQL / MariaDB	MySQL ≥ 4.0 或 MariaDB 任意版本	`sudo apt install mariadb-server libmysqlclient-dev`
Open Babel	≥ 2.3.2	`sudo apt install libopenbabel-dev`

编译与安装步骤

Mychem 支持两种构建方式：

源内构建（in-source build）
源外构建（out-of-source build，推荐）

cd mychem-2.0.0
mkdir build
cd build
cmake ..
make
sudo make install

安装完成后，可通过以下命令查看插件安装目录：

mysql_config --plugindir

MySQL 中加载 Mychem

进入 MySQL 控制台：

mysql -u root -p

加载 Mychem 插件：

INSTALL PLUGIN mychem SONAME 'ha_mychem.so';

查看插件状态：

SHOW PLUGINS;

如安装成功，将看到：

| mychem | ACTIVE | STORAGE ENGINE | GPL |

然后执行 SQL 文件以创建 Mychem 函数：

mysql -u root -p < src/mychemdb.sql

测试安装

从 v0.5 起，Mychem 自带测试套件，可验证编译和数据库连接。

示例命令如下

cd mychem-2.0.0
mkdir build && cd build
cmake -DMY_HOST=localhost -DMY_USER=user -DMY_PASSWD=passwd ..
make
make install
make test

执行测试后，输出类似：

Running tests...
Test project mychem-code/build
Start 1: ConversionTest ............. Passed
Start 2: HelperTest ................. Passed
Start 3: ModificationTest ........... Passed
Start 4: MolmatchTest ............... Passed
Start 5: PropertyTest ............... Passed

100% tests passed, 0 tests failed out of 5