【数据分析】基于R语言的宏基因组微生物群落下游数据的统计分析与可视化教程

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介绍

随着微生物组学技术的飞速发展，研究人员能够以前所未有的精度和深度探索微生物群落的结构与功能。R语言作为一种强大的统计分析和数据可视化工具，在微生物组学数据分析中得到了广泛应用。本文将通过一个完整的R语言脚本，详细介绍如何从数据加载、处理到最终的可视化和统计分析，帮助研究人员更好地理解和解释微生物群落数据。

数据加载与预处理

脚本首先加载了多个数据表，包括元数据（metadata）、MAG统计信息（mag.tbl）、CANT-HYD数据（canthyd）、RPKM数据（rpkm）等。这些数据分别存储在Excel文件的不同工作表中，通过readxl包读取。此外，还加载了多个RDS文件，如hdg.mco.RDS、hmm.mco.RDS等，这些文件可能包含预处理后的微生物群落数据。

数据预处理是数据分析的重要步骤。脚本中通过merge函数将不同的数据表按关键列（如HMM和MAG）合并，确保数据的一致性和完整性。例如，