处理AAL的.nii文件：python获取AAL的各个区域的质心坐标

一、AAL的116个分区

编号	名字
2001	Precentral_L
2002	Precentral_R
2101	Frontal_Sup_L
2102	Frontal_Sup_R
2111	Frontal_Sup_Orb_L
2112	Frontal_Sup_Orb_R
2201	Frontal_Mid_L
2202	Frontal_Mid_R
2211	Frontal_Mid_Orb_L
2212	Frontal_Mid_Orb_R
2301	Frontal_Inf_Oper_L
2302	Frontal_Inf_Oper_R
2311	Frontal_Inf_Tri_L
2312	Frontal_Inf_Tri_R
2321	Frontal_Inf_Orb_L
2322	Frontal_Inf_Orb_R
2331	Rolandic_Oper_L
2332	Rolandic_Oper_R
2401	Supp_Motor_Area_L
2402	Supp_Motor_Area_R
2501	Olfactory_L
2502	Olfactory_R
2601	Frontal_Sup_Medial_L
2602	Frontal_Sup_Medial_R
2611	Frontal_Med_Orb_L
2612	Frontal_Med_Orb_R
2701	Rectus_L
2702	Rectus_R
3001	Insula_L
3002	Insula_R
4001	Cingulum_Ant_L
4002	Cingulum_Ant_R
4011	Cingulum_Mid_L
4012	Cingulum_Mid_R
4021	Cingulum_Post_L
4022	Cingulum_Post_R
4101	Hippocampus_L
4102	Hippocampus_R
4111	ParaHippocampal_L
4112	ParaHippocampal_R
4201	Amygdala_L
4202	Amygdala_R
5001	Calcarine_L
5002	Calcarine_R
5011	Cuneus_L
5012	Cuneus_R
5021	Lingual_L
5022	Lingual_R
5101	Occipital_Sup_L
5102	Occipital_Sup_R
5201	Occipital_Mid_L
5202	Occipital_Mid_R
5301	Occipital_Inf_L
5302	Occipital_Inf_R
5401	Fusiform_L
5402	Fusiform_R
6001	Postcentral_L
6002	Postcentral_R
6101	Parietal_Sup_L
6102	Parietal_Sup_R
6201	Parietal_Inf_L
6202	Parietal_Inf_R
6211	SupraMarginal_L
6212	SupraMarginal_R
6221	Angular_L
6222	Angular_R
6301	Precuneus_L
6302	Precuneus_R
6401	Paracentral_Lobule_L
6402	Paracentral_Lobule_R
7001	Caudate_L
7002	Caudate_R
7011	Putamen_L
7012	Putamen_R
7021	Pallidum_L
7022	Pallidum_R
7101	Thalamus_L
7102	Thalamus_R
8101	Heschl_L
8102	Heschl_R
8111	Temporal_Sup_L
8112	Temporal_Sup_R
8121	Temporal_Pole_Sup_L
8122	Temporal_Pole_Sup_R
8201	Temporal_Mid_L
8202	Temporal_Mid_R
8211	Temporal_Pole_Mid_L
8212	Temporal_Pole_Mid_R
8301	Temporal_Inf_L
8302	Temporal_Inf_R
9001	Cerebelum_Crus1_L
9002	Cerebelum_Crus1_R
9011	Cerebelum_Crus2_L
9012	Cerebelum_Crus2_R
9021	Cerebelum_3_L
9022	Cerebelum_3_R
9031	Cerebelum_4_5_L
9032	Cerebelum_4_5_R
9041	Cerebelum_6_L
9042	Cerebelum_6_R
9051	Cerebelum_7b_L
9052	Cerebelum_7b_R
9061	Cerebelum_8_L
9062	Cerebelum_8_R
9071	Cerebelum_9_L
9072	Cerebelum_9_R
9081	Cerebelum_10_L
9082	Cerebelum_10_R
9100	Vermis_1_2
9110	Vermis_3
9120	Vermis_4_5
9130	Vermis_6
9140	Vermis_7
9150	Vermis_8
9160	Vermis_9
9170	Vermis_10

 

二、AAL的分区图

上图是根据AAL的.nii文件绘制出的分区结果图，如果要想细看每个分区的情况，可以下载 ITK-SNAP软件（官网免费），然后直接打开AAL的nii文件，如下图所示：

 然后打开segmentation

 再次选中AAL.nii文件，可以移动光标从各个维度上查看各个分区

 三、通过python 来下载AAL的.nii文件并获取其质心坐标

from nilearn import plotting,datasets
import nibabel 

#获取AAL
aal = datasets.fetch_atlas_aal(version='SPM12', data_dir=None)
coords = plotting.find_parcellation_cut_coords(labels_img=aal.maps)#大小为(116,3) 坐标

#绘制
aal_maps = nibabel .load(aal.maps)
plotting.plot_roi(aal_maps, title="AAL", display_mode='ortho', cut_coords=(0, 0, 0))
plotting.show()