ubuntu20安装lammps

1、先随便创建一个放lammps、fftw、mpich的文件夹用来上传文件

1.1安装插件

sudo apt-get install gcc g++ gfortran make vim -y                 

2、分别解压三个压缩包

3、安装fftw

cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/usr/local --enable-floatmake  		                #-j意为调用编译无核数限制
sudo make install                       #安装
cd ..					#返回上一级目录

4、mpich

cd mpich-3.3.2./configure --prefix=/usr/localmake 
sudo make install#返回上一级目录
cd ..	

5、安装lammps

cd lammps-12Mar18/src
sudo make mpi

make package-status

尝试安装包。

make yes-MANYBODY
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
make yes-MISC#重新生成lmp_mpi文件（非常重要）激活package之后一定要重新 make mpi 否则package还是没法用。
sudo make mpi 

6、测试

/usr/local/bin/mpirun -n 2 /home/xiaoming/tools/lammps-22Mar16/src/lmp_mpi < in.deposit.atom

7、为了简化运行命令，可以修改环境变量

export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/xiaoming/tools/lammps-22Mar16/src:$PATH

source ~/.bashrc

8、再次测试，依然可以运行

mpirun -n 2 lmp_mpi < in.deposit.atom

9、安装vmd

1、上传软件安装包、解压、进入

2、打开配置文件

sudo vim configure#根据自己的电脑情况命名$install_bin_dir="/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/bin";$install_library_dir="/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/lib/$install_name";

3、编译安装

# 3、开始安装
./configure LINUXAMD64cd src
make install# 输出如下，说明安装成功
# echo "VMD installation complete.  Enjoy!"
# VMD installation complete.  Enjoy!

4、配置环境变量

export PATH=/home/xiaoming/vmd-2.0.0a5/bin:$PATH

======================可视化部分======================

执行的命令

 mpiexec -n 4 lmp_mpi < in.shear

执行的位置

~/tools/lammps-22Mar16/examples/shear