【数据分析】通过个体和遗址层面的遗传相关性网络分析
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文章目录
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- 介绍
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- 原理
- 应用场景
- 加载R包
- 数据下载
- 函数
- 个体层面的遗传相关性网络分析
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- 导入数据
- 数据预处理
- 构建遗传相关性的个体网络
- 对个体网络Nij进行可视化
- 评估和选择最佳模型
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- 评估和选择最佳模型
- 最佳模型进行总结
- 拟合优度检验
- 遗址层面的遗传相关性网络分析
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- 导入数据
- 数据预处理
- 构建遗址之间的遗传相关性网络
- 可视化图
- 条件边预测与模型评估
- 总结
- 系统信息
介绍
个体和遗址层面的遗传相关性网络分析是一种用于研究遗传变异如何在个体或遗址之间形成网络结构的方法。这种分析可以帮助我们理解遗传因素如何影响个体或遗址之间的相互作用和联系。
原理
这种分析的核心是通过构建和分析遗传相关性网络来探索遗传变异对网络结构的影响。具体步骤包括：
- 数据收集与预处理：
- 收集个体或遗址的遗传数据（如基因型数据）和相关的表型数据（如个体的性别、遗址的地理位置等）。
- 清洗数据，去除缺失值和异常值，确保数据质量。
- 遗传相关性矩阵构建：
- 计算个体或遗址之间的遗传相关性（如IBD，Identity By Descent，即同源性）。
- 构建遗传相关性矩阵，矩阵中的每个元素表示两个个体或遗址之间的遗传相似度。