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CRISPR spacers数据库；CRT和PILER-CR用于MAGs的spacers搜索

news 来源：原创 2025/5/11 10:50:26

iPHoP：病毒宿主预测-CSDN博客

之前介绍了这个方法来预测病毒宿主，今天来介绍另一种比较用的多的方法CRISPR比对

CRISPR spacers数据库

Dash 在这可以下载作者搜集的spacers用于后期比对

CRT和PILER-CR

使用 CRT 和 PILERCR 识别 CRISPR 间隔区，合并冗余 CRISPR 阵列，并格式化输出

用的是别人写好的代码（好用就行，这两软件太老了，别人帮忙下好，配置好了）

Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruses from the human gut microbiome | Nature Microbiology

MGV/crispr_spacers at master · snayfach/MGV · GitHub

#运行
software="/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/Software/MGV/crispr_spacers"
out_dir="/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/database/SPACER_rumen_MAGs"
gunzip -k *
dir_name=$(basename $(pwd))
mkdir ${out_dir}/${dir_name}
for i in *.fa
do
	num=${i%%.fa}
	dir=$(pwd)
	cd ${software}
	identify_crispr.py -i ${dir}/${num}.fa -o ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer
	merge_crispr.py ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/crt ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/pilercr ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/merged
	cd ${dir}
done
rm *.fa

spacers比对

我们现在有了两组spacers，一组是NAR文章整理的，一组是宿主MAG提取的。

使用Blastn进行比对（viral contigs和spacers）

参考文献的Viral host prediction部分：A metagenomic catalog of the early-life human gut virome | Nature Communications

blastn -query ${fa}/fetal_5.0_95.fa -db ${database} -evalue 0.0000001 -gapopen 10 -gapextend 2 -reward 1 -penalty -1 -word_size 5 -perc_identity 100 -max_target_seqs 10000 -out ${out}/fetal_vOTU_spacerDB.txt -outfmt 6 -num_threads 150