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【数据分析】从TCGA下载所有癌症的多组学数据

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文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 组学数据类型
    • 下载函数
    • 运行
    • 并行运行
    • 使用建议
    • 总结
    • 系统信息

介绍

TCGA(The Cancer Genome Atlas)是一个庞大的癌症基因组数据库,包含多种癌症类型的多组学数据,如基因表达、DNA甲基化、拷贝数变异、miRNA、蛋白质表达、临床数据和体细胞突变等。这些数据对于癌症研究、生物标志物发现和精准医学至关重要。然而,手动下载和组织这些数据可能非常耗时且容易出错。

本脚本使用R语言TCGAbiolinks包自动化下载TCGA的多组学数据,并按癌症类型和数据类型分类存储。其主要功能包括:

  1. 多组学支持:支持7种组学数据的下载,包括转录组(RNA-seq)、DNA甲基化、拷贝数变异、miRNA表达、蛋白质表达、临床数据和体细胞突变。
  2. 结构化存储:每种癌症类型的数据存储在独立的目录下,并按组学类型进一步分类,便于后续分析。
  3. 错误处理

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