凌恩又升级内容啦！160+项分析！

凌恩明星产品又升级啦！今天的主角是多营养级扩增子。

本次凌恩  关于多营养级扩增子项目升级构建了“十二大核心模块，160余项精细分析”的研究体系，在多样性、多营养级群落构建机制、生态位分析等多个方面进行了升级，并新增了多项分析内容，如网络分析，从基础数据解析到深层机制挖掘，实现全流程覆盖。

凌恩生物多营养级分析流程

凌恩生物新升级多营养级项目亮点

亮点一：多样性分析内容更全面，Beta多样性新增内容丰富了其他多项分析

在多样性分析模块，组间差异结果支持多样化结果展示，如基于原有的箱线图、小提琴图、抖动图，增加了柱状图、雨点图，以满足不同用户的需求。同时完善 Gamma 多样性分析，支持分组样本的多样性指数比较，让群落丰富度差异更直观；

分组雨点图（shannon）

图 Alpha多样性分组比较分析

小提琴图（Specpool（chao））   

雨点图（Specpool（chao））

图Gamma多样性样品比较分析

Beta 多样性分析新增 βMNTD（Beta Mean Nearest Taxon Distance） 距离计算，用于衡量两个不同群落中最近亲缘分类单元之间的丰度加权平均系统发育距离。它反映了群落间物种在系统发育树上靠近末端分支的汇聚程度，强调了短系统发育距离的物种替换情况。βMNTD结合PCoA、距离分解及三元相图等分析，从多维度解析群落组成差异。

图 基于Beta多样性距离（βMNTD）的多营养级样本PCoA分析

βMNTD距离  

Bray-Curtis距离

图 Beta多样性距离分解三元相图

新增的 βMNTD 距离也同步到环境适应性分析、环境因子关联分析、生态系统多功能性分析等三大分析模块。

如生态系统多功能性中基于不同距离矩阵评估多营养级物种群落组成与多功能性拟合曲线图分析。

图 基于不同距离（βMNTD距离）矩阵评估多营养级物种群落组成与多功能性拟合曲线

亮点二：新增零模型分析，量化并比较群落构建的生态过程

在系统发育零模型（计算βNTI）的基础上，增加了分类单元零模型（计算RCbray），分析内容包括RCbary/βNTI计算、βNTI比较分析、生态过程分析、生态过程分组分析、相关性分析等6项，助力区分确定性与随机过程对群落构建的贡献。              

抖动图    

雨点图

图 βNTI比较分析

图 生态过程占比饼图

亮点三：新增群落构建机制指数分析，量化并比较群落构建的生态过程

多营养级群落构建机制研究中，在中性模型基础上，新增净重新分类指数（net relatedness index ，NRI）、最近分类单元指数（Nearest Taxon Index，NTI）及 标准化随机性比率（normalized stochasticity ratio，NST）值计算协同发力进行比较，量化随机性与确定性过程的相对重要性，进一步解析群落构建机制。

如：NRI比较分析。

箱线图

雨点图

图 NRI比较分析

亮点四：新增生态位分析，全方位评估不同营养级生物的适应性

在beta-deviation指数、生态位宽度分析的基础上，新增Sorting分析，来比较不同营养级物种群落丰度与生态位宽度。此外，还增加了Rao二次熵（Rao Quadratic Entropy，Rao）分析，比较不同群落之间的系统发育多样性差异，评估群落构建过程中系统发育因素的重要性。从多层面、多角度分析不同营养级群落构建的生态过程，增加用户研究的新角度，为文章的分析内容添砖加瓦，助力发表高分文献！

图 不同营养级物种群落丰度与生态位宽度散点图

图 不同营养级物种群落丰度与数量图

图 不同营养级物种群落Rao比较雨点图

亮点五：新增网络图分析，分析不同营养级生物之间的关系

该项分析内容首先对不同营养级OTU/ASV使用Spearman相关性方法构建研究样本微生物群落的Co-occurrence网络，识别不同营养级生物互作关系，然后利用Zi-Pi识别网络各模块关键物种。从而揭示菌群中非随机的物种共发生模式，使物种间的直接互作或生态位共享特征得到较好的重现，对于理解微生物群落的组建机制、生态系统的功能以及识别群落中的关键物种至关重要！

图 不同营养级Co-occurrence网络

图 网络边统计

此次分析更新之后使多营养级项目内容更丰富、新颖，不仅可以让老师获得更多样化、全面的分析内容，更为各位老师的文章增加亮点，可谓一举两得。

多营养级介绍专题

Nature Microbiology|细菌+真菌+原生生物多营养级研究新思路助力https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3NzcwODUzMg==&mid=2247515201&idx=1&sn=75be5765a972e577412764bfd12969bd&scene=21#wechat_redirect

iScience|多营养级生物群落演替：首次揭示青藏高原冰川融水系统中生物群落空间变化https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3NzcwODUzMg==&mid=2247521766&idx=2&sn=ebc65e7bd31c20a8780a3cde5a9a093d&scene=21#wechat_redirect

IF＞10|NEE：多营养级助力生态保护新思路https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3NzcwODUzMg==&mid=2247521990&idx=1&sn=1aae929feb49c6b94c1e128b2f518582&scene=21#wechat_redirect