【数据分析】转录组基因表达的KEGG通路富集分析教程
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文章目录
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- 介绍
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- 差异分析（limma）
- KEGG富集分析（enrichKEGG）
- 可视化
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 基因差异分析
- 火山图
- KEGG通路富集分析
- 可视化通路结果
- 另一个案例
- 总结
- 系统信息
- 参考
介绍
KEGG富集分析，可以发现差异基因所涉及的生物学通路，从而深入了解在特定生物学过程中起关键作用的分子机制。例如，在疾病发生发展过程中，哪些代谢通路或信号通路发生了改变，有助于揭示疾病的发病机制。
富集分析结果可以为后续的实验研究提供方向和依据。研究人员可以根据富集的通路选择相关的基因或通路进行深入的功能验证实验，如基因敲除、过表达等，进一步探索其在生物学过程中的具体作用。
在疾病相关的转录组研究中，KEGG富集分析有助于发现与疾病发生发展密切相关的通路和基因，这些通路和基因可能成为潜在的治疗靶点，为药物研发和治疗策略的制定提供参考。通过对比不同样本或处理组间的KEGG富集结果，可以直观地了解它们在生物学通路层面的差异，有助于理解不同因素对生物系统的影响。
差异分析（limma）
- 原理：limma（linear models fo