【孟德尔随机化】PhenoScanner不能用的，替代方法

https://ldlink.nih.gov/?tab=ldtrait

目前PhenoScanner数据库限制使用，可选择LDlink数据库替代。

可以在网页下载变异数据

还有就是library(gwasrapidd)包提取

# remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd")
library(gwasrapidd)

# 官方文档写单个
variant_seek <- gwasrapidd::exists_variant('rs12345') 
# 多个试下
exp_dat <- TwoSampleMR::extract_instruments(
           outcomes = "ieu-a-299")
# 选取exp_dat的5个SNP测试下
exp_dat <- readRDS("exp_dat_two.rds")
exp_dat <- exp_dat[!duplicated(exp_dat$SNP),]

exp_dat <- read.csv("clipboard",sep = "\t")

# 先判断SNP有没有在库里面
snpbool <- gwasrapidd::exists_variant(exp_dat$SNP[1:20])