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单表代替密码出现的年代，数学的发展还比较落后，人们对于统计、概率的认识还不深，唯一的破译方法就是猜测，结合文字和语言的特点进行关联性的猜测。但这个工作量太大了，当时又没有计算机，甚至连纸都没有（中国的造纸术12世纪才传入欧洲），总不能拿着树枝在土地上穷尽猜测这些字母吧！

16世纪，文艺复兴开始了，各种各样的文化、艺术、自然科学开始蓬勃发展，欧洲的外交、军事交流开始频繁，传统的密码已经无法满足保密性的需求了。

特里特米乌斯密码方阵

在意大利，有一个叫约翰尼斯·特里特米乌斯的修道士兼密码学家，开始想对单表代替密码动动手脚了。他寻思：既然只用一张代替表，无法掩盖字母的频率特性，那我多用几张表行不行？第一个字母用第一个代替表，第二个字母用第二个代替表......，这样字母的频率特性不就被掩盖掉了吗？

于是，这位老兄设计了这样一张26×26的字母方阵：

表格的每一行都相当于一个代替表。加密的时候，第一个明文字母用第一行代替表（实际上代替完还是自己），第二个字母先从第一行找到这个字母，然后用第二行同一个位置的字母代替，之后都类似。举个例子：

明文“MEET” →

M（第1位）→ 第1行M列 → ‌M‌

E（第2位）→ 第2行E列 → F‌

E（第3位）→ 第3行E列 → G‌

T（第4位）→ 第4行T列 → W‌

输出密文：‌MFGW

用不同的多张代替表来替换明文，同样的字母就被替换成了不同的形态，文字频率特性和跟随特性就都被掩盖掉了。但是，这种相对比较固定的变换方式，也存在很大的风险隐患：如果每一次传递的消息内容格式相对固定，比如说明文消息的开头总是time、date、to Alice之类内容，那么密文的开头也都是相似的，密文消息数量很多的情况下，这种规律可以被用来回推代替表。‌

贝拉索密码

对于特里特米乌斯字母方阵的缺陷，意大利的另外一位密码学家吉奥万·巴蒂斯塔·贝拉索又开始琢磨，特老兄的方阵太有规律了，为啥非要按照顺序使用这些代替表呢？能不能我自己选择一些表，自己确定一个顺序？于是，贝拉索引入了可变密钥‌，用一个“密钥”，来选择一次加密所使用的代替表，例如密钥为“key”选择第k行、第e行、第y行3行代替表，并按照这个顺序依次替换明文信息。还用上面的例子：

明文“MEET”，密钥“key” →

M（第1位）→ 第k行M列 → W‌

E（第2位）→ 第e行E列 → I‌

E（第3位）→ 第y行E列 → C‌

T（第4位）→ 第k行T列 → D‌

输出密文：WICD

发送消息的加密方和收到消息的脱密方必须事先约定每一次的“密钥”，才能够正常加脱密，得到正确的信息。贝拉索引入“可变密钥”的密码，他算是多表代替密码的真正发明者。

维吉尼亚密码

后来，法国的一位外交家布莱斯·德·维吉尼亚在贝拉索密码的基础上进一步改进，采用‌自生密钥（Autokey）‌：初始密钥加密后，‌后续密钥由明文字母自动延伸，还是用上面的例子：

明文“MEET”，初始密钥“key” →

M（第1位）→ 第k行M列 → W‌

E（第2位）→ 第e行E列 → I‌

E（第3位）→ 第y行E列 → C‌

T（第4位）→ 第t行T列 → M‌（用明文字母来选择代替表的行）

输出密文：WICM

这样，就解决了密钥短，代替表重复使用的问题，进一步增加了破译的难度，增强了多表代替密码的实用性和安全性。对于维吉尼亚的这一贡献，人们把维吉尼亚密码作为多表代替密码的典型代表。

多表代替密码的缺陷

如果密钥比较短，代替表就存在周期性重复使用的问题，如果明文中也存在一些重复或跟随特性，就会在密文中体现出来。例如，英文中经常出现th、qu、an、er、the等字母组合，如果统计密文字母中相同2字母组合或3字母出现的间距，出现最多频次的间距，说明代替表重用了，有可能就是代替表的数量。然后就可以按照这个数值，把多表代替密码分解成若干单表代替密码进行破译了。