蛋白质分析常用数据库2
古早整理的系列1，参考：
https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/145814026?sharetype=blogdetail&sharerId=145814026&sharerefer=PC&sharesource=weixin_62528784&spm=1011.2480.3001.8118
蛋白质数据库
Human protein atlas 人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达 ，荧光染色和表达信息使得网站很炫也很实用[前往]
Pfam是蛋白质家族的数据库，包括使用隐马尔可夫模型生成的注释和多序列比对。[前往]
SwissProt 手动注释的非冗余蛋白序列数据库[前往]
UniProt[前往]
InterPro 通过整合多个蛋白相关数据库，提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台，包括对蛋白质家族、结构域、功能位点的预测[前往]
PIR[前往]
Antibodies[前往]
BRENDA[前往]
HPRD[前往]
iProClass[前往]
PRF[前往]
REBASE[前往]
蛋白质结构数据库
PDB[前往]
SCOP[前往]
CATH[前往]
PSI[前往]
DALI 蛋白质结构比对[前往]
foldseek 蛋白质结构比对[前往]
蛋白组数据库
PRIDE[前往]
蛋白质功能域数据库
PROSITE 最全面[前往]
Pfam 最专业[前往]
ProDom[前往]
CCD[前往]
Prints[前往]
SMART[前往]
TIGRFAM[前往]
蛋白互作数据库
STRING[前往]
DIP 实验验证的蛋白相互作用数据库[前往]
BioGRID[前往]
IntAct[前往]
蛋白二级三级结构预测及绘图
CFSSP[前往]
SOPMA[前往]
PredictProtein[前往]
SWISS-MODEL[前往]
AlphaFold Protein Structure Database[前往]
ESM Metagenomic Atlas[前往]
CavityPlus |蛋白质结合口袋预测[前往]
蛋白特性分析
ProtParam 蛋白特性分析是指蛋白的一些物理和化学参数，如分子量、等电点、氨基酸和原子组成、消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪族氨基酸指数、亲水性。[前往]
Protscale 蛋白氨基酸的亲疏水性主要由其侧链基团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是疏水的，如果含有极性侧链基团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是极性的（亲水的）。[前往]
TMHMM 蛋白的跨膜结构分析对于预测蛋白的亚细胞定位密切相关。[前往]
SignalP 峰信号位置为信号肽切割点，峰之前的序列为信号肽 信号肽是指引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，常位于蛋白的N-末端，负责把蛋白质引导到不同膜结构的亚细胞器内。[前往]
NetPhos 蛋白质磷酸化指由蛋白质激酶催化的把 ATP 的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）上的过程，或者在信号作用下结合 GTP（通常以 GTP 取代 GDP）[前往]
相分离
Predictor of Natural Disordered Regions (PONDR)|蛋白无序区域预测[前往]
DrLLPS - Data resource of LLPS|相分离数据库[前往]
RNA参与的液液相分离数据据库[前往]
蛋白质体外液液相分离数据库[前往]
相分离相关蛋白数据库[前往]
FuzDrop |基于序列的蛋白相分离能力预测[前往]
RNA结合蛋白（RBP）数据库
RBP2GO [前往]
RBPDB RBP数据库，可以查到互作的蛋白，相关的实验信息[前往]
iDRBP_MMC 基于序列的用于鉴定DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的计算预测[前往]
模拟相关
Software - IBS - Institut de Biologie Structurale - Grenoble / France|结构计算软件[前往]
De Novo Protein Structure Prediction by QUARK|从头预测结构[前往]
核磁相关
Home - cara nmr ch|核磁指认软件CARA[前往]
RNAfold web server|RNA预测[前往]
Installing Sparky|核磁软件Sparky[前往]
Installing updated Sparky|更新的核磁软件Sparky[前往]
TopSpin manual|核布鲁克谱仪软件[前往]
Sparky Manual|核磁软件Sparky入门[前往]
化学位移信息[前往]
Programs for Protein, DNA, and RNA structure determination by NMR[前往]
小角散射
saxs|小角散射[前往]
核酸数据库
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是美国国立生物技术信息中心构建的生信数据库，目前最全面的数据库。[前往]
欧洲分子生物学实验室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory），目前蛋白质信息最全部的数据库UniProt就是他家开发的。[前往]
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库 。该数据库最为常用的就是他家的KEGG通路数据库。[前往]
中国国家数据库（China National GeneBank）位于深圳大鹏新区，是继世界三大数据库之后的全球第四大国家级数据库。它是中国首个，也是唯一一个国家基因库，相对于全球另外三个基因库而言，国家基因库样品保存的规模、存储量和可访问的数据量皆是全球最大。[前往]
中国国家基因组科学数据中心 生命与健康大数据中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)，由北京基因组研究所管理。[前往]
序列比对与数据库
在线比对[前往]
Blast[前往]
Clustal[前往]
MEGA(软件)[前往]
基因功能数据库
qPrimerDB | qPCR的引物数据库[前往]
CRISPOR | CRISPR cas9 体系的sgRNA设计[前往]
METASCAPE | 提供基因名列表，做GO分析[前往]
ensembl | 多物种同源基因分析[前往]
基因信息
GeneCard[前往]
基因注释
Blast[前往]
Interproscan[前往]
WEGO[前往]
KAAS[前往]
基因功能预测
FGENESH[前往]
AUGUSTUS[前往]
GENESCAN[前往]
GeneMark[前往]
Glimmer[前往]
基因结构预测
Exon-Intron Graphic Maker 根据候选基因的外显子和内含子等信息绘制基因结构[前往]
Blastp 可在线获取蛋白结构域的注释和位置信息[前往]
同源基因分析
OrthoDB是直系同源物的综合目录[前往]
启动子分析
Plantcare[前往]
调控目的基因的miRNA预测
psRNAtarget[前往]
表达分析
ArrayExpress 数据来自EMBL的高通量功能基因组学实验的数据；[前往]
BAR 在分析基因功能时，通常会参考基因的表达模式，即基因在植物不同组织不同发育时期的表达丰度变化。通过在线分析网站BAR对候基因进行表达分析。 是一个植物生信分析资源网站，用该网站分析基因表达时，不仅可以获得基因表达模式的热图，还可以获得可视化的电子荧光图片，直观呈现基因在植物组织中的表达位置。[前往]
基因结构绘制
GSDS Gene Structure Display Server，基于基因组注释文件绘制序列基因结构等功能[前往]
表型数据库
Planteome[前往]
dbGaP[前往]
IPPN[前往]
亚细胞定位预测
PSORT Prediction[前往]
Welcome to psort.org!!|亚细胞定位预测[前往]
NLS Mapper|预测importin α-dependent 核定位[前往]
代谢数据库
MapMan一个功能强大的代谢途径查看和编辑软件[前往]
代谢通路数据库
KEGG[前往]
GO[前往]
NCBI BioSystems[前往]
IMP[前往]
plantCyc[前往]
MANET[前往]
MetaNetX[前往]
代谢组学常用数据库
MataboLights[前往]
HMDB[前往]
YMDB[前往]
ECMDB[前往]
非编码小RNA数据库
miRBase[前往]
piRNAbank[前往]
SILVA[前往]
长非编码RNA数据库
LncRNAdb 真核生物长非编码RNA数据库[前往]
LncRNAwiki 人类长非编码RNA数据库[前往]
非编码RNA家族数据库
Rfam 类似于Pfam的RNA家族注释数据库[前往]
非编码RNA序列数据库
RNAcentral[前往]
肿瘤/癌症数据库
COSMIC | Catalogue of Somatic Mutations in Cancer[前往]
Home page - Cancerrxgene - Genomics of Drug Sensitivity in Cancer[前往]
The Cancer Genome Atlas (TCGA)[前往]
抗体选择
CiteAb - The Life Science Data Provider|抗体选择[前往]
小工具
生物软件网 在线蛋白工具[前往]
单字母简写转换成三字母氨基酸 - 在线工具 - 纽普生物 - NovoPro[前往]
RNA浓度计算[前往]
PyMol 下载[前往]
WolframAlpha|在线问答工具[前往]
计算机相关工具[前往]
Grammarly-to get writing suggestions[前往]
HADDOCK 2.4 分子对接[前往]
网页版核磁谱图处理[前往]
CST-蛋白质结构域和信号转导[前往]
CST-参考文献表资源[前往]
小脚本
变换varian NH-HSQC谱图[前往]
亲和力计算相关[前往]
根据PDB编号下载结构[前往]
根据PDB编号下载化学位移[前往]
从sdf中提取mol[前往]
参考：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/79626339