prefetch 下载 GEO 数据注意事项

1.文件大小超出限制

错误信息warn: Maximum file size download limit is 20GB 'SRR18899456' (26GB) is larger than maximum allowed: skipped
这是因为你设置的最大文件大小为 20GB，而 SRR18899456 的文件大小为 26GB，超出了这个限制，因此该文件被跳过了。

解决办法：调整最大文件大小限制：你可以通过修改 prefetch 的参数来增加允许的最大文件大小。可以在 prefetch 命令中设置 --max-size 参数来调整文件大小限制。例如，设置为 40GB：

prefetch --max-size 40G SRR18899456

2.SRA 格式偏好设置

错误信息Current preference is set to retrieve SRA Normalized Format files with full base quality scores.这说明你当前的 prefetch 配置设置为下载 标准化格式的 SRA 文件，并且包括完整的基础质量分数。根据数据集的不同，可能会有一些文件格式或大小的差异。
 

解决办法

调整下载格式：你可以通过 prefetch 的选项来调整下载格式。例如，使用 --type 参数来指定下载的文件类型（例如，sra 或 fastq 格式）。

prefetch --type fastq SRR24046875

3.访问权限问题（403 错误）

failed to resolve accession 'SRR24046875' - Access denied - please request permission to access phs003229 / GRU in dbGaP. ( 403 )

这是一个 权限问题，表示你没有访问该数据的权限。具体来说，数据集 SRR24046875 关联到 dbGaP 数据库中的 phs003229 项目，而该项目可能涉及敏感数据，需要 授权。
解决方法：申请访问权限：要解决这个问题，你需要申请 dbGaP 的权限。你可以访问 dbGaP 网站 来注册并请求访问特定数据集的权限。