Nature图形复现—Graphpad绘制带P值的含数据点的小提琴图

带 P 值的含数据点的小提琴图是一种科研数据可视化图表，它同时呈现数据的分布特征、原始观测值和统计显著性：通过小提琴形状展示概率密度分布（反映数据集中趋势和离散程度），叠加抖动散点显示所有原始数据点（避免信息丢失并揭示潜在异常值），并在组间添加带有 P 值标注的显著性标记。

本期图表来源于 2023 年发表于 Nature communication 的文章数据图。

原文中使用差异小提琴图展示了 CTSB（Cathepsin B）在不同肿瘤分期（Stage I & II vs. Stage III & IV）HCC（肝细胞癌）患者中的表达水平比较，表达指标为 IDO/area。其中X轴：Stage I & II（n = 119）代表早期肿瘤；Stage III & IV（n = 75）则代表晚期肿瘤；Y轴：CTSB expression（IDO/area）表示单位面积中的 CTSB 表达强度；

每个点表示一个患者样本，小提琴图表示表达值的分布，点的颜色区分了两个组（蓝色 vs. 红色）。

统计显著性：标注的p值为0.0439，p < 0.05说明在统计学上存在显著差异。

图表结论：CTSB 表达在晚期 HCC（Stage III & IV）患者中显著高于早期患者（Stage I & II）；这表明 CTSB 可能参与了肿瘤进展过程，是潜在的进展相关分子标志物。

本期教程我们来使用Graphpad复现Nature图形，绘制带P值的含数据点的小提琴图。

1.双击打开Graphpad，选择分组，在选项处选择“为每个点输入一个Y值并绘图”；

2.将数据复制进软件中，点击新建分析；

3.在跳出的对话框，选择列分析—t检验（和非参数检验），点击确定；跳出对话框后，点击确定即可；

4.在跳出的分析报告中，可以看出p值为0.0439，样本值分别为119和75；

5.接着点击新建图表，在图表类型选择“列”，选择箱线和小提琴图，选择小提琴图；

6.绘制出来的图形雏形如下图所示，接着需要对其进行细节美化；

7.双击图形，选择不同组别，分别对填充颜色，数据点颜色进行修改；

8.点击成对比较工具，双击对其修改，选择显示P值；

9.接着对其进行其他细节美化，包括纵坐标标题，样本数量添加，字体格式等，其最终效果图如下图所示：

以上就是Graphpad绘制带P值的小提琴图的基本步骤。带P值的含数据点的小提琴图是一种多维度的科研数据呈现方式，它巧妙融合了三种关键信息：小提琴轮廓直观展示数据的概率密度分布（揭示整体形态和离散程度），散布的原始数据点清晰呈现每个观测值（保留样本细节并识别离群值），而标注的显著性P值则定量化验证组间差异的统计学意义。大家快去试试吧！

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