fmriprep安装与试用_附ubuntu分区大小调整

1.文件准备——

c盘的BIDS文件copy到ubuntu系统，因为FSL安装在UBUNTU。

 cp -r /mnt/c/Users/y/MyDoc/LogsForWorksInUbuntu/brainCoding/nc25hippocampus  ~/MYDOC/braincoding/

2.FreeSurfur——不需要单独安装

FSL已安装，这里提前安装fmriprep会调用的FreeSurfur在UBUNTU。

fs的license：注册后手动保存为txt。注意需要linux格式，处理方法是建好后再用VSCODE打开，右下角CRLF切换为LF再重新保存。

需要18.0.4以上ubuntu，查看ubuntu版本：

lsb_release -a

Description:    Ubuntu 24.04.2 LTS.

xxxxx   dpcker安装fmriprep方式不需要单独安装freesurfer。

3.fmriprep安装

镜像源拉取镜像

sudo docker pull docker.1ms.run/nipreps/fmriprep

修复镜像标签

docker tag docker.1ms.run/nipreps/smriprep:25.1.0 nipreps/smriprep:25.1.0

根据images反映的已拉取镜像信息，实际我的命令是：

 docker tag docker.1ms.run/nipreps/fmriprep:latest nipreps/smriprep:25.1.3

安装fmriprep docker包装器

python -m pip install fmriprep-docker

过程看到我的版本是“Successfully installed fmriprep-docker-25.1.3”

试用：

fmriprep-docker ./nc25hippocampus_data/ ./nc25hippocampus_ors/derivatives/ participant --participant-label 01 --fs-license-file ./freesurfer/license.txt --fs-subjects-dir ./nc25hippocampus_ors/fs_out --output-spaces MNI152NLin2009cAsym T1w --work-dir ./ --cifti-output 91k

附：调整ubuntu分区大小

C:

 systeminfo

物理内存总量:       14,029 MB
可用的物理内存:     5,410 MB

wsl

free -g   查看只分配了8G大小

（以上截图来自文末参考博客2.）

参考：

(32 封私信 / 81 条消息) fMRIPrep安装及使用 - 知乎

wsl2 Ubuntu子系统内存只有一半的解决办法_wsl2 ubuntu 内存不足-CSDN博客