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function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘Matrix‘

news 来源：原创 2025/6/19 12:39:06

在分析scATAC数据的pbmc <- RunSVD(pbmc)时报错，本质上是matrix包的版本太新，需要降级，并重装降级的seurat和signac，否则不匹配

remove.packages("Matrix")

remotes::install_version("Matrix", version = "1.6-1.1")

1. 重装Seurat

remove.packages('SeuratObject')
remove.packages('Seurat')

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

或者换成清华镜像

install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_4.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

2. 以及要重装signac

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Signac/Signac_1.9.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

然后SeuratDisk可以用

remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

安装，conda安装时好像一直说有冲突，事先先安装了以下两个包，（不知道有没有影响

conda install conda-forge::r-sdmtools

conda install -c anaconda libcurl

推荐以下代码~

但是有些情况下 Matrix 要大于1.6-4的版本！！兴许上面跑RunSVD(pbmc)报错function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘Matrix‘的问题不是Matrix包引起的！！！

重新试了以下代码，所有过程都能跑通了！！！！！！！！！

remove.packages('Matrix')
remove.packages('irlba')
remove.packages('Seurat')
remove.packages('SeuratObject')
remove.packages('Signac')install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive//Matrix/Matrix_1.6-5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("irlba",type="source", force=TRUE)
## 有人说这个安装顺序也重要~！！！（很无语install.packages('Seurat') ## 会自动安装上SeuratObject
install.packages('Signac')

最后的版本是：

Signac_1.14.0

Matrix_1.6-5

irlba_2.3.5.1

SeuratObject_5.1.0

Seurat_5.3.0

成功！