这类物种组织heatmap有点东西
如果想知道研究对象(人、小鼠、拟南芥、恒河猴等)某个时候各个器官的fMRI信号强度、炎症程度等指标的差异,gganatogram可以以热图的形式轻松满足你的需求。
数据准备
以男性为例,数据包含四列,
每列详细介绍
- organ,人体解剖图中特定的器官或部位名称,例如"左心房"、"垂体" 等
- colour,指定organ的填充颜色
- type,指定organ的分组(例如 "神经系统"、"消化系统"、"循环系统"等),用于区分不同系统
- value,每个organ的相关数据(例如fMRI信号强度、炎症程度等指标等),会被映射到颜色梯度
下面举个例子介绍gganatogram的使用。
男女人体剖面热图
## 21.1_01
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# @Author : 公众号:pythonic生物人
# @Desc : 21.1 人体解剖图library(gganatogram)
library(ggplot2)
library(gridExtra)# 男性解剖图
hgMale <- gganatogram(data = hgMale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "male", fill = "value") + # 使用hgMale_data绘制男性解剖图,填充基于valuetheme_void() + # 移除背景和轴线scale_fill_gradient2(low = "#440154", mid = "#21908C", high = "#FDE725", midpoint = median(hgMale_key$value)) + # 设置颜色梯度:深紫-青-黄ggtitle("Human Male") # 添加标题“Human Male”# 女性解剖图
hgFemale <- gganatogram(data = hgFemale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "female", fill = "value") + # 使用hgFemale_data绘制女性解剖图,填充基于valuetheme_void() + # 移除背景和轴线scale_fill_gradient2(low = "#D73027", mid = "#FFFFBF", high = "#4575B4", midpoint = median(hgFemale_key$value)) + # 设置颜色梯度:红-黄-蓝ggtitle("Human Female") # 添加标题“Human Female”grid.arrange(hgMale, hgFemale, ncol = 2)
使用上文“1.4.10 organisms数据集”,
我们也可以只展示type中的某个分组,例如,
也可以展示其它物种,例如,小鼠,
例如,细胞,
以及其它物种,
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这类物种组织heatmap有点东西!