因为gromacs必须安装cuda(系统自带的NVIDIA驱动不行),这里介绍下如何安装cuda
1. 安装步骤
查看是否安装了cuda
# 法1 cat /usr/local/cuda/version.txt
# 法2 nvcc --version
若没有安装,则查看是否有N卡驱动,若无N卡驱动,则到软件与更新 -> 附加驱动中安装驱动
查看N卡驱动支持的cuda版本
nvidia-smi
如下图支持最高CUDA版本是11.4
2. 到cuda-toolkit-archive,选择需要的CUDA下载CUDA Toolkit 11.4 Downloads | NVIDIA Developer
2.1如下图,选择runfile(local)
,并使用生成的指令进行下载和安装
2.2若第1步提示Existing package manager installation of the driver found. It is strongly recommended that you remove this before continuing.,选择continue,然后下一步输入accept,再下一步中去除driver项,之后选择install:
2.2.1.选择continue
2.2.2.输入accept
2.2.3.取消Driver、然后选择Install(敲击空格取消Driver)
设置前:
设置后:
3. 在~/.bashrc文件中添加如下环境变量:
export PATH=/usr/local/cuda-11.4/bin${PATH:+:${PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.4/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
4.验证是否安装成功
nvcc -V
5、cudnn安装
网址:cuDNN Archive | NVIDIA Developer
cuDNN Archive | NVIDIA Developer
因为cuda是11.8,所以选择对应的cudnn,我选择的8.5
下载 tar格式
tar -xvf cudnn-linux-x86_64-8.5.0.96_cuda11-archive.tar.xz
sudo cp cuda/include/cudnn*.h /usr/local/cuda/include
sudo cp -P cuda/lib64/libcudnn* /usr/local/cuda/lib64
sudo chmod a+r /usr/local/cuda/include/cudnn*.h
验证:
cat /usr/local/cuda/include/cudnn_version.h | grep CUDNN_MAJOR -A 2
出现以下信息说明安装成功: