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OTU的定义
- OTU：操作分类单元是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（如品系、种、属、分组等）设置的同一标志。
- 目的：OTU用于将相似的序列归为一类，以便于研究和比较不同样本中的微生物多样性。
OTU的划分标准
- 相似性阈值：通常按照97%的相似性阈值将序列划分为不同的OTU。这意味着，如果两个序列之间的相似度达到或超过97%，它们就被认为是同一个OTU的一部分。
- 微生物物种：每一个OTU通常被视为一个微生物物种。如果序列间的相似性小于97%，则认为它们属于不同的物种。
- 更细的分类：相似性小于95%的序列，可以认为属于不同的属。
图示说明
- 16S序列：图中展示了多个16S rRNA基因序列，这些序列代表了不同的微生物。
- 相似度大于97%：当序列间的相似度大于97%时，它们被聚类形成OTU。
- OTUs：图中显示了根据相似度聚类形成的不同OTUs，每个OTU代表一个特定的微生物群体。
总结
OTU是一种基于序列相似度的分类方法，它将高度相似的序列归为一类，以便于研究微生物的多样性和群落结构。在实际应用中，OTU的划分标准可以根据研究的具体需求进行调整，但97%的相似性阈值是常用的标准。通过OTU分析，研究人员可以更好地理解和比较不同环境或条件下的微生物群落组成。