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Clustal Omega 是一款广泛使用的多序列比对工具，由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）开发，于 2011 年正式发布。它是经典序列比对工具 Clustal W 和 Clustal X 的升级版本，旨在提供更高效、准确的大规模多序列比对解决方案，尤其适用于处理数百至数千条序列的复杂数据集。
核心功能与算法
- 比对策略：采用渐进式比对算法，结合统计耦合模型（如隐马尔可夫模型）和迭代优化技术，提升远缘序列（进化关系较远的序列）的比对准确性。
- 高效处理大规模数据：支持同时比对数千条蛋白质或核酸序列，通过并行计算和优化的内存管理，显著减少计算时间，适合组学数据（如宏基因组、蛋白质家族）分析。
- 灵活的输入输出格式：
- 输入格式：支持 FASTA、Clustal、GCG/MSF、EMBL、GenBank 等常见序列格式。
- 输出格式：提供 FASTA、PHYLIP、XML、HTML、MSF 等多种格式，兼容后续分析工具（如系统发育树构建、功能富集分析）。
网页版：直接访问 EMBL-EBI Clustal Omega 在线工具，