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WSI获取 本专栏以TCGA数据库为例,详细介绍TCGA数据库中特定癌症数据集WSI的选择与下载,以及下载后如何将WSI的存放位置进行批量化整理(提供Python代码)。对WSI进行人工标注(可没有) 以Qu…目录:
- WSI获取
本专栏以TCGA数据库为例,详细介绍TCGA数据库中特定癌症数据集WSI的选择与下载,以及下载后如何将WSI的存放位置进行批量化整理(提供Python代码)。 - 对WSI进行人工标注(可没有)
以QuPath软件为例,介绍如何运用工具对WSI进行ROI圈画。并介绍标注文件的保存,标注文件的内容解读。 - WSI预处理
3.1 将WSI进行组织分割以及Patch剪裁
本专栏将分别对无标注的WSI以及人工标注的WSI的Patch剪裁流程进行介绍,提供Python代码。
3.2 染色归一化
本专栏对staintools工具进行介绍,并提供批量化染色归一化的Python代码。 - 特征提取
有的模型是直接使用特征向量作为深度学习模型的输入,因此,本专栏对CLAM模型的特征提取方式进行介绍,提供linux指令。