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HHblits 与 HHsearch 的核心区别及远源同源检测能力对比
一、核心功能与定位差异
| 特征 | HHblits | HHsearch |
|---|---|---|
| 核心目标 | 快速迭代搜索，构建高质量多序列比对（MSA）和 Profile HMM，用于大规模序列聚类与初步同源筛选。 | 高精度 Profile HMM-HMM 比对，用于深度同源检测与结构 / 功能预测，尤其适合已知 MSA 或 HMM 的精细分析。 |
| 输入 | 单条查询序列（FASTA）或初始 MSA，通过迭代搜索逐步扩展比对结果。 | 查询 Profile HMM（通常由 HHblits 生成的 MSA 转换而来）或直接输入的 HMM 文件。 |
| 数据库类型 | 聚类数据库（如 Uniclust30，包含预计算的 Profile HMM 簇），适合快速过滤海量序列。 | 结构或功能数据库（如 PDB70、Pfam），存储高精度 Profile HMM，用于精准比对。 |
| 输出 | 扩展的 MSA（A3M 格式）、迭代生成的 Profile HMM，以及初步同源匹配列表（含 E 值、序列相似性）。 | 高置信度的 HMM-HMM 对齐 |