宏基因组产品升级！污染物降解酶数据库——不只是塑料降解！

环境污染已成为当今世界的一大危害。各种来源的污染物对生态系统造成有害影响。海洋和陆地区域的主要污染物是碳氢化合物、塑料和染料。微生物酶在污染物修复中的作用已被广泛报道，对微生物资源的进一步探索有望发现新的污染物降解酶（pollutant degrading enzymes, PDEs）。新一代测序技术和宏基因组学的最新进展为探索潜在的新型生物修复酶的环境微生物提供了动力。

目前对于污染物降解酶已有广泛的研究，如深海中的污染物降解酶在世界各地的各个水域和沉积物样本中都有报道。在一项对深海沉积物样本的宏基因组分析中[1]，利用RemeDB注释到了154种碳氢化合物降解酶，90种塑料降解酶以及43种染料降解酶。

图 污染物降解基因相对丰度柱状图（Doi: 10.1007/s00438-023-01995-6）

在另一项对城市水体样本的宏基因组功能分析结果表明[2]，利用RemeDB预测了140种污染物降解酶（PDEs）与各种外源污染物降解有关，包括碳氢化合物，塑料和芳香族染料。这些PDE被定位到细菌属，如Hydrogenophaga，Ideonella，Rubrivivax，Dechloromonas和Thauera，这些细菌被广泛报道为促进异种化合物的代谢。这些结果均表明，RemeDB数据库是利用宏基因组数据研究污染物降解酶的有效工具！

图 TOP 15污染物降解基因相对丰度柱状图（Doi: 10.1007/s11356-024-35187-5）

凌恩生物污染物降解酶研究解决方案

为了满足广大科研人员对污染物降解酶研究的需求，凌恩再次升级宏基因组注释方案！特推出宏基因组污染物降解基因数据库——RemeDB数据库注释分析！https://niot.res.in/Remedb/

RemeDB旨在从各种宏基因组文库中识别碳氢化合物、染料和塑料降解酶。从各种文献资料中整理出了一个由3万个经证实可降解主要污染物的序列组成的序列数据库，构成了PDEs的数据库。该注释结果主要分为三大类：碳氢化合物降解酶、塑料降解酶、染料降解酶，具体列表如下：

表 RemeDB注释信息表

图 污染物降解基因分类丰度饼图

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参考文献

1、Microbial community structure and exploration of bioremediation enzymes: functional metagenomics insight into Arabian Sea sediments. Molecular Genetics and Genomics , 2023.

2、Insights into the community structure and environmental functions of water hyacinth rhizobiome in urban river ecosystem. Environmental Science and Pollution Research, 2024.