KofamKOALA：KEGG本地化注释

https://www.genome.jp/ftp/tools/kofam_scan/INSTALL 

KofamKOALA

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz859 

安装

cd software
# 设置依赖项
mamba create -n kofam -y -c bioconda ruby=2.4 hmmer parallel
mamba activate kofam
# 下载文件
mkdir -p kofamscan/db
cd ~/kofamscan/db
wget ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/ko_list.gz 
wget ftp://ftp.genome.jp/pub/db/kofam/profiles.tar.gz 
gunzip ko_list.gz 
tar xvzf profiles.tar.gz 
###
mkdir -p ~/kofamscan/bin
cd ~/kofamscan/bin
wget https://www.genome.jp/ftp/tools/kofam_scan/kofam_scan-1.3.0.tar.gz
tar xvzf kofam_scan-1.3.0.tar.gz
###
cd ~/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0
cp config-template.yml config.yml 
# 编辑config.yml，可以用vim
profile: ~/kofamscan/db/profiles/
ko_list: ~/kofamscan/db/ko_list
hmmsearch: path/mambaforge/envs/kofam/bin/hmmsearch
parallel: path/mambaforge/envs/kofam/bin/parallel
cpu: 90
# 编辑后保存
exec_annotation -h

使用

重要参数：

--cpu 线程 

-o 输出文件

-E e-value

-f 输出文件格式 （我选 detail-tsv）

exec_annotation --cpu 90 -E 1e-5 -f detail-tsv -o kegg_annotation.tsv -c path/config.yml AFR70110.1.faa