【Linux】snakemake应用之扩增子分析流程

扩增子相关软件安装

新建目录

mkdir 16S_rRNA_amplicon
cd 16S_rRNA_amplicon

创建环境依赖清单文件env.yaml

channels:- conda-forge- bioconda
dependencies:- bioconductor-shortread #R语言中读取DNA序列- bioconductor-dada2- bioconductor-phyloseq- r-pheatmap- r-ggplot2- r-dplyr- r-phangorn- flash #两条reads拼接- cutadapt #裁剪引物- mafft- fasttree- biopython- pandas

创建环境并且安装上述依赖

mamba env create -n 16S_rRNA_amplicon --file env.yaml
# 激活环境
mamba activate 16S_rRNA_amplicon

安装nodejs

#要用ez biocloud进行物种注释
nodejs官网：https://nodejs.org/en/download/

# 下载
wget https://nodejs.org/dist/v20.11.0/node-v20.11.0-linux-x64.tar.xz
# 解压
tar -xf node-v20.11.0-linux-x64.tar.xz
# 删除源文件
node-v20.11.0-linux-x64.tar.xz
# 添加到环境变量
vim ~/.zshrc
export PATH=$PATH:/mnt/d/WSL/software/node-v20.11.0-linux-x64/bin
# 更新
source ~/.zshrc

安装puppeteer

# 创建一个目录
mkdir puppeteer
cd puppeteer
# 初始化工程
npm init

仅修改entry point，其他默认

# 更改module模式
vim package.json

添加一行"type": "module",

# 安装
npm i puppeteer

注：
该步骤在/mnt/d/WSL/software/puppeteer会报错
移动到/home/yang51/software后方可运行

安装后将app.js文件移动到当前文件夹（流程文件）

分析流程自动化

准备基础工作目录和修改配置文件

将custom_pipeline.tar.gz放入工作目录D:\WSL\16S_rRNA_amplicon

# 解压
tar -xzf custom_pipeline.tar.gz