Linux 命令行的基本命令（生信）

常见的操作系统包括 Windows、Mac OS X 和 Unix 。Linux 是类 Unix 操作系 统， 可安装在各种各样的电脑硬件设备， 从手机、平板电脑、路由器到超级计算 机。Linux 是一个领先的操作系统，世界上最快的十台超级计算机运行的都是 Linux 操作系统。以其自由度高、安全、强大的内置程序支持， 以及灵活的后台管理等 特点， Linux  系统受到广大科研工作者的欢迎。目前常用的生物信息学软件的大 多数版本只针对 Linux 操作系统。Linux 操作系统是生物信息学工作者常用的操作 平台。

[原理] 

Linux 服务器可以理解为一个超级计算机，他拥有文件管理、数据库管理和 应用程序管理功能， 以及相对较大的 CPU、存储和内存资源， 同时兼有普通计算 机的功能。 通过 Windows 操作系统可以登录到 Linux 操作系统， 对其进行远程控 制，也可以通过虚拟机在 Windows 系统上虚拟出多个计算机，从而完成各种复 杂的计算。

【操作基本命令】

1.目录操作

pwd 、cd 、ls 、mkdir 、rmdir 、rm、

2.文件操作

touch 、cp 、mv 、more 、less 、cat

3.权限控制

chmod 等

4.查找文件

find 、locate 、which

5.  数据统计与处理

grep 、awk 、cut 、sort 、uniq 、split 、wc

6.备份与压缩

tar 等

7.系统管理

ps 、top 、kill 、history 、nohup

[内容]   

1.使用 root 权限，在 home  目录下新建一个“your name”目录 (比如/home/ChengMing)， 并为其创建密码，以后都工作在此目录下，并查看是否创建成功。

2.建立一个名为 test1 、test2 的目录，并在 test1  目录下新建一个名为 file1.txt 的文件， 并查 看是否创建成功。

3.将 file1.txt 拷贝成 file2.txt ，并查看是否创建成功。

4.将问题 4 中的 file1.txt 拷贝到 test2  目录下， 并查看是否创建成功。

5. 以交互形式删除 test1  目录下的 file1.txt，并查看是否成功

6.将 test2  目录下的 file1.txt 改名为 file3.txt，并将 file3.txt 移动到 test1  目录下，并查看是否 操作成功。

7.删除目录 test2，并查看是否操作成功

 

8.从根目录下开始寻找 file3.txt

9.将 sj.dat 放置到 test1  目录下，从/test1 中软连接文件 sj.dat 到/test2  目录下，命名为 sj1.dat

 10.在 test1  目录下，新建一个hello.pl 的小程序，实现在屏幕上打印输出“Hello  World”的 功能， 请用文字法或数字法实现下面文件权限的修改，并查看是否操作成功。

(1)使同组用户及其他用户增加对 hello.pl 的可写权限

(2)使同组用户取消对 hello.pl 的可写权限

(3)使其他用户对 hello.pl 可读可执行

(4)将 hello.pl 的权限改为属主可读可写可执行， 组为用户及其他用户可读可执行

（见结果）

11.请至少用三种命令查看 test1  目录下的 hello.pl

12.在 test1  目录下新建两个名为 a.txt 和 b.txt 的文档，合并两个文档， 并重写到 c.txt，并显 示 c.txt 的行数。

共44行

a.txt 如下：

>Goraiv21062129m                                                                                                                                           ATGAACCCTTTCCTTTGCTTTGTTTTACAAGCATGGAATCCTAGCTCTTGTCAAGTTTCCTCCATGGAAACTTC TCGTTT                                                                                                                                                                 TCTCAGAGACTATGCTGTTTGGGAAATCAATGCTTTTCTTTGGATTTCTCTTATAACTATTACTTATTTTCTTTCT TATA                                                                                                                                                                      AGCTTTTTAAGTTGTTTAAGCTATGGAATCAAGCTTGCAAAATCCCAGGTCCTCCTTCTCCTTCCTTTTATGGT TATTTC                                                                                                                                                                  ACTACTCTCTCCAAACAAAATCTCACAGAGGTATTGTCAGATTCACATGAGGAATATGGTTCAATTGTGAAGT TATGGTT                                                                                                                                                               GAGTCCTAAACAGCTTTTGGTTTCAATAAAAGAACCAGAAATTATTAAAGAGATGTTGTTGAAAGCTAAGGA TAAATTGC                                                                                                                                                            CACTTACTGGAAAGGCTTTCAATTTGGCCTTTGGAAGATCCACCCTCTTTGCTTCATCTTTTGATAAGGTAGA AAGTAGA                                                                                                                                                             AGAGAGTCACTGGCATCTGAATTGAATGTAAGGTTGCTTGATAGAGCAAATTTAATCGCGACCAAGGCTGTT GATCATAT                                                                                                                                                             CATGGCTGAATTACACCAGAACATGACCAAAGGAAGTATCAATTGTAAAATGACTTCTCAGCATATGGCCTTC ACTTTGC                                                                                                                                                              TTGGTGCTACAATATTTGGTGACACATTCTTGGCTTGGTTGAAGTCTACTATTTACGAGGAGCTGTTGATGAT  GGTTGCT                                                                                                                                                             AAAGATGCTTGCTTTTGGGCATCGTATAGTGTCATTCCCTTTTGGAAACAAGGATTTTGGAGGTATCGACGAT TATGTAC                                                                                                                                                               AGAGTTGAAATGGCTAACTCAAGACCTTGTTCAACAGTGCAGTAAATACAGGCAATACCGTCACATGGAACC AAGCGCGA                                                                                                                                                          ATCTTGGAATGGAGGCCGGCGTCTTTTTGCAAGATAACATTTCCCTGCAAGAGATTAATGGCCGTCATAATGT AAGAGAT                                                                                                                                                             GAATCTTGCGGCAATATTATGAGCTTGCTGTTCCATGGATGCTTAACAACCGGAGGTTTGATTAATAATATGTT GATGAG                                                                                                                                                               GCTTGTTACACATCCAGAAATACAGCATAAGATATACTCAGAGATAATCATGGCAAAGAAAGGTTCGGAGGA CAAAGCTC                                                                                                                                                           AACCTGTTGTAGAGAAGATGCCTTTATTGTGGGCAACTATCTATGAGTCTGCTCGTGTTATGCCAGCCGGACC TTTGCTA                                                                                                                                                               CAGAGGTGTTCTCTGAAACACGATTTGAGGCTTAAGTCTGGTGTAATTGTGCCGGCTGGAGCAATACTTGTC GTACCTAT                                                                                                                                                             GCAGTTGGTGCAGACCGATGATTCTAGTTGGGGAAATGATGCTGGCAAATTTAATCCATATCGTTTTCTGTCT AAGACAG                                                                                                                                                             AAAAGACATCCGCTTCACCAAACATGGATGCGTCCATTGCAGGACATGCTGAAGAACTTAAAGATCAAAGG  AAATGTACT                                                                                                                                                          TTTGTTTTGAAAGATCCGAATAAGAATCCGGCTTTTCTTCCCTTCGGTTCTGGTGCTCGTGCTTGCGTTGGCC AGAAATT                                                                                                                                                              TGTCACTCAAGGAGTTGCAACGTTGTTTGCTTCCTTGCTCGAACAATACGAGGTGAGGCTTCGTTCAGGATC

AAAGACAA                                                                                                                                                         ACTCAAAACCGTCGACAAACTACTCGATGTCTCAAGATTTTCTGAGTTCCGAACTAGTTTTCGCAAGAAGGA

ATAACTGA

b.txt 如下：

>Goraiv21062127m

ATGAACCCTTTCCTTTGCTTTGTTTTACAAGCATGGAATCCTAGCTCTTGTCAAGTTTCCTCCATGGAAACTTCT

CGTTT

TCTCAGAGACTATGCTGTTTGGGAAATCAATGCTTTTCTTTGGATTTCTCTTATAACTATTACTTATTTTCTTTC

TTATA

AGCTTTTTAAGTTGTTTAAGCTATGGAATCAAGCTTGCAAAATCCCAGGTCCTCCTTCTCCTTCCTTTTATGGTT

ATTTC

ACTACTCTCTCCAAACAAAATCTCACAGAGGTATTGTCAGATTCACATGAGGAATATGGTTCAATTGTGAAGTTA

TGGTT

GAGTCCTAAACAGCTTTTGGTTTCAATAAAAGAACCAGAAATTATTAAAGAGATGTTGTTGAAAGCTAAGGATAA

ATTGC

CACTTACTGGAAAGGCTTTCAATTTGGCCTTTGGAAGATCCACCCTCTTTGCTTCATCTTTTGATAAGGTAGAAA

GTAGA

AGAGAGTCACTGGCATCTGAATTGAATGTAAGGTTGCTTGATAGAGCAAATTTAATCGCGACCAAGGCTGTTGAT

CATAT

CATGGCTGAATTACACCAGAACATGACCAAAGGAAGTATCAATTGTAAAATGACTTCTCAGCATATGGCCTTCAC

TTTGC

TTGGTGCTACAATATTTGGTGACACATTCTTGGCTTGGTTGAAGTCTACTATTTACGAGGAGCTGTTGATGATGG

TTGCT

AAAGATGCTTGCTTTTGGGCATCGTATAGTGTCATTCCCTTTTGGAAACAAGGATTTTGGAGGTATCGACGATTA

TGTAC

AGAGTTGAAATGGCTAACTCAAGACCTTGTTCAACAGTGCAGTAAATACAGGCAATACCGTCACATGGAACCAAG

CGCGA

ATCTTGGAATGGAGGCCGGCGTCTTTTTGCAAGATAACATTTCCCTGCAAGAGATTAATGGCCGTCATAATGTAA

GAGAT

GAATCTTGCGGCAATATTATGAGCTTGCTGTTCCATGGATGCTTAACAACCGGAGGTTTGATTAATAATATGTTG

ATGAG

GCTTGTTACACATCCAGAAATACAGCATAAGATATACTCAGAGATAATCATGGCAAAGAAAGGTTCGGAGGACAA

AGCTC

AACCTGTTGTAGAGAAGATGCCTTTATTGTGGGCAACTATCTATGAGTCTGCTCGTGTTATGCCAGCCGGACCTT

TGCTA

CAGAGGTGTTCTCTGAAACACGATTTGAGGCTTAAGTCTGGTGTAATTGTGCCGGCTGGAGCAATACTTGTCGTA

CCTAT

GCAGTTGGTGCAGACCGATGATTCTAGTTGGGGAAATGATGCTGGCAAATTTAATCCATATCGTTTTCTGTCTAA

GACAG

AAAAGACATCCGCTTCACCAAACATGGATGCGTCCATTGCAGAACTTAAAGATCAAAGGAAATGTACTTTTGTTT

TGAAA

GATCCGAATAAGAATCCGGCTTTTCTTCCCTTCGGTTCTGGTGCTCGTGCTTGCGTTGGCCAGAAATTTGTCACT

CAAGG

AGTTGCAACGTTGTTTGCTTCCTTGCTCGAACAATACGAGGTGAGGCTTCGTTCAGGATCAAAGACAAACTCAAA

ACCGT

CGACAAACTACTCGATGTCTCAAGATTTTCTGAGTTCCGAACTAGTTTTCGCAAGAAGGAATAACTGA

13.在c.txt中查找以“>”开头的行；查找包含关键字“ATGC”的行，在屏幕上输出即可。

14.将c.txt中的“Goraiv”替换成“Gr”， 并查看是否操作成功。

15. 将c.txt每一行最后的空白字符删除。

16. sa.txt如下：

banana

pear

watermelon

melon

orange

melon

(1)将sa.txt按照字典顺序排序，并输出到sb.txt

(2)将sa.txt按照字典逆序排序，并输出到sc.txt

(3)将sa.txt去重复行， 输出到sd.txt

(4)在屏幕上将sa.txt中的重复行显示出来                                         (5)统计sa.txt文件的行数、字数、字节数信息， 并在屏幕上输出

 

17.请至少用两种命令将以下Blast结果文件blast.out中两列id以及score值列提取出来， 并重写 到score.out

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT5G46180.1  73.82       424  111  0      50    473  51    474

0.0     665

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT1G80600.1  31.73       394  253  8      53    442  72    453

4e-046       182

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT3G22200.1  29.38

7e-036       148

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT2G38400.1  29.72

 

439  265  13    58    455  70    504

397  241  13    58    430  80    462

1e-034       144

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT4G39660.1  28.30

9e-034       141

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT3G08860.1  26.95

 

424  263  14    50    449  70    476

423  264  15    53    449  78    481

4e-032       135

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT5G63570.1  28.57

2e-024       110

LOC_Os03g44150:LOC_Os03g44150.1  AT3G48730.1  28.57

 

322  205  9

322  205  9

 

58    367  82    390

58    367  80    388

4e-024       109

（见结果）

18.抓取blast.out文件中， 包含字符“AT3G08860.1”的行， 生成新的数据文件blast.new.out 并用命令统计文件blast.new.out 的行数

（见结果）

19.  在test2目录下在线下载此链接的文件包， 并在当前目录下解压，要求显示解压进程。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-win64.tar.gz  

（见结果）

   20.将问题11新建的hello.pl托管， 同时将错误信息输出至屏幕， 并捕获进程号，及时查看该 程序的进程。

（见结果）

21.查看系统日期以及正在使用的内核版本

22.全部操作完成后， 请注销CentOS

[结果] 

  10

1. 首先打开终端，在终端中输入mkdir test1新建文件夹
2. 输入 vim test1/hello.pl创建文件
3. 在编辑器中输入print”Hello World\n”后点击esc并输入：wq保存退出

1. 输入 perl test1/hello.pl运行程序

1. 输入 chmod ug+w hello.pl

chmod o+w hello.pl增加可写权限

chmod ug-w hello.pl取消可写

chmod o-rx hello.pl

chmod ug+rwx hello.pl

chmod o+rx hello.pl

         

17

提取

      18

19

由于文件不存在无法下载

若存在解压命令为

20

以下是生成文件