云平台 | 玩转单细胞比率可视化

云平台小工具使用-单细胞比率可视化

• 0.1 背景介绍

• 0.2 细胞比率分布图

• 0.3 参数设置

• 0.4 任务查看

• 0.5 结果

• 0.5.1 细胞比率分布图

• 0.5.2 细胞比率统计表格

 01  背景介绍

在单细测序分析中，理解样本内不同细胞类型的分布和比例是至关重要的。这不仅有助于揭示组织的异质性，还能帮助识别潜在的生物学差异或疾病状态。传统的基因表达分析通常基于大量细胞群体的平均值，这种方法虽然能够提供整体趋势的信息，但往往掩盖了个体细胞间的差异。单细胞比率统计从细胞丰度的角度来对比分析不同组织或者状态的细胞，具有一定的参考价值。

 02  细胞比率分布

比率分布图是一种常用的统计图表，其本质是反映各成分的组成。在单细胞分析中，又衍生出了多种比率分布图的变体，如给相同组成在不同的样本/组加上流动型Linker或者线性Linker，以便更为直观的反映它们之间的变化规律，本期我们就一起来盘点这些可视化图。

前面几期已经给大家介绍了云平台的注册以及登录教程，这里就不再赘述。

爱基百客云平台细胞比率分布图可视化地址：http://182.61.3.169:5000/smalltools/detail?id=1894296535812927490。

下面跟随我们的云平台一起来绘制各种类型的细胞比率分布图。

首先点击小工具细胞比率分布图

右侧的工具介绍对细胞比率分布图小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时，该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义。

 03  参数设置

输入文件：单细胞metadata文件

配色：默认提供了2套配色，你可根据个人的喜好进行选择。

Linker：本期重点是linker的选择。如果linker选择为no，则绘制经典的单细胞比率可视化图；如果linker选择为Line,则绘制带有类型连接线的比率分析图；如果linker选择为Flow,则绘制带有流动区间的比率分析图，类似于桑基图。可视化效果见下文结果展示部分。

输出名自定义，填写好上述所有的参数后，点击提交即可。

 04  任务查看

您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询，找到需要的任务。如下图：当状态成功时，表示任务成功结束。

点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。

您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时，结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。

 05  结果

输出结果包含pdf格式和png格式的细胞比率分布图以及图对应的统计表格。

• 0.5.1 细胞比率分布图

添加linker，绘制带有类型连接线的比率分析图。更加直观对比不同样本组细胞类型的变化。

添加linker，绘制带有类型流动区间的比率分析图。同样可以直观对比不同样本组细胞类型的变化，类似于桑基图。

能直观表达流量：通过宽度可视化显示了从一个状态到另一个状态的流动，使得观察者能够直观地理解流量的来源、去向和数量。

能进行多变量关系展示：可以同时展示多个变量之间的关系，例如不同类别、群组或因素之间的流动情况。这种多变量的可视化帮助我们发现模式、趋势和连接性。

也可根据自己的喜好换个配色板。

• 0.5.2 细胞比率统计表格

差异表格如下表所示：

该表格将统计不同样本/组的细胞类型比率。

多款图形，多种变化，总有一款适合你，赶紧去试试吧。

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 关于我们 

武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客）是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2，员工已达到百余人，业务覆盖全国，核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞（进口、国产多平台）、DNBSEQ-T7和STOmics时空组学等实验平台，同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。

运营至今合作科研客户超2000家，涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际顶级期刊，广受客户好评，成为国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念，发挥自身优势，期待与海内外科研学者精诚合作，共探生命百科全书。