课前准备--解析空间转录组肿瘤微环境SNV（visium、stereo）

作者，Evil Genius

我们的课程生化小课---基因组与单细胞空间多组学https://mp.weixin.qq.com/s/U4SWpmERvU7zHQrYfRNpmg?payreadticket=HBubDNyfEKqeXpyeQDk1vr6dmPPlzUftT6oFkpMzpykhCqnSz_317OBIbqGHW036009VD5k&scene=1&click_id=2这就算开始了，我已经分享了大量的课前资料，大家预习预习即可，本周六上第一节课。

今天要准备的内容，visium或者stereo检测spatialSNV信息。

突变作为肿瘤发生的关键标志，主要包括单核苷酸变异（SNV）、插入缺失（indel）和结构变异（SV）三种形式。

空间SNV的检测结果

visium数据

我们来看看方法

###pip install spatialsnv

10X数据

spatialsnvtools PerpareBAMforCalling \-b demo.bam \-o process_out \-s demo \-c 'CR' \-u 'UR' \-@ 10 \--fasta GRCh38.p12.genome.fa \--dbsnp dbsnp.chr9.hg38.vcf.gz \--removetmp \--picard $pathtopicard/picard.jar \--gatk $pathtogatk/gatk \--samtools $pathtosamtools/samtools

stereo-seq

spatialsnvtools PerpareBAMforCalling \-b demo.stereo.bam \-o stereo_process_out \-s stereo_demo \--stereo \--gem demo.gem.gz \-x 0 -y 0 -@ 10 \--fasta GRCh38.p12.genome.fa \--dbsnp dbsnp.chr9.hg38.vcf.gz \--removetmp \--picard $pathtopicard/picard.jar \--gatk $pathtogatk/gatk \--samtools $pathtosamtools/samtools

SNV Calling on Preprocessed BAM Files

spatialsnvtools SNVCalling \-b demo.processed.bam \-s demo \-o demo.vcf.gz \-f GRCh38.p12.genome.fa \--pon 1000g_pon.hg38.vcf.gz \--germline af-only-gnomad.hg38.vcf.gz

回溯SNV到空间转录组

10X

spatialsnvtools CallBack \--bam demo.processed.bam \--vcf demo.vcf.gz \-o demo_matrix \-s demo \--tmpdir demo_tmp \--only_autosome \-c "CB"  \-u "UB" \-@ 1

stereo-seq

spatialsnvtools CallBack\--bam demo.stereo.bam \--vcf demo.stereo.vcf.gz \-o demo_stereo_matrix \-s demo_stereo \--tmpdir demo_stereo_tmp \--stereo \-x 0 -y 0 --binsize 100 \--only_autosome \-@ 1 \--umi UM \--removetmp

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