帝国理工学院团队研发：Missense3D-PTMdb—— 解析遗传变异与翻译后修饰的交互式工具

前言概述

Missense3D-PTMdb 是一个交互式网络资源，旨在利用 AlphaFold 3D 模型探索和可视化遗传变异与翻译后修饰位点（PTMs），为研究人员提供蛋白质序列与结构的关联分析工具。该工具覆盖 20,235 种人类蛋白质、11,544,303 个天然错义变异及 203,775 个 PTM 位点，可自由访问（网址：https://missense3d.bc.ic.ac.uk/ptmdb）。

核心功能

序列 - 结构映射

将错义变异和 PTM 位点映射到 AlphaFold 生成的蛋白质 3D 模型，支持查看变异与 PTM 位点在序列和空间上的邻近关系

可视化工具

通过 JSmol 实现 3D 结构交互可视化，用户可调整距离滑块（5Å 至 30Å）显示邻近残基，并同步高亮序列视图中的对应位置。

数据查询与下载

支持通过 UniProt ID、基因名、残基位置等检索，结果包含变异的临床意义、PTM 证据来源等，可导出为 Excel 文件。

数据亮点

PTM 类型分布

磷酸化位点占比最高（64%，130,269 条记录），其次为 SUMOylation（20%）、糖基化等，共涵盖 63 种 PTM 类型。

变异与 PTM 关联

1.7% 的错义变异（205,645 个）位于 PTM 残基上，其中 66% 涉及磷酸化位点；1.8% 的临床注释变异（10,510 个）位于 PTM 残基。

总结

该资源填补了 PTM 与变异 3D 结构关联分析的空白，为非结构生物学专家提供了直观工具，助力研究遗传变异对蛋白质功能的影响。