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跟着柳叶刀数字健康,学习如何通过病理切片预测分子分类对预后的影响|项目复现

小罗碎碎念

项目复现

今天和大家分享一个非常具有参考价值的项目,手把手带着大家复现一篇发表在柳叶刀数字健康的文章

花了六个小时才完成的这篇推送,信息量非常大,遇到了很多报错问题,但是解决以后的感觉是非常爽的,先给大家展示一下最终的成果——在同一张切片上,通过四张热图,展示子宫内膜癌四种分子分型的区分标准

最终成果展示

只要你跟着我的教程走,你也能一比一复现结果,并且完整理解作者的思路,同时把代码迁移到自己项目里

除了完成分子分型任务,作者的代码中还有一个非常值得借鉴的——对WSI进行下采样,从而减小硬件压力,同时一定程度缓解数据不平衡的现象

我们可以通过生成质量控制缩略图,来评估采样的patches是否能代表切片的主要部分。

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