AF3​​​​​​​ Msa、TemplateHit、HitMetadata类解读

parsers 模块中的 Msa、TemplateHit 和 HitMetadata 主要用于 解析比对数据，并为 AlphaFold3 提供 多序列比对（MSA）和模板搜索的中间数据结构。这些类在 MSA 处理 和 模板搜索 中扮演重要角色，帮助将解析后的数据标准化，并提供一致的接口给后续的 AlphaFold3 组件使用。

源代码：

DeletionMatrix = Sequence[Sequence[int]]


@dataclasses.dataclass(frozen=True)
class Msa:
    """Class representing a parsed MSA file"""
    sequences: Sequence[str]
    deletion_matrix: DeletionMatrix
    descriptions: Optional[Sequence[str]]

    def __post_init__(self):
        if(not (
            len(self.sequences) == 
            len(self.deletion_matrix) == 
            len(self.descriptions)
        )):
            raise ValueError(
                "All fields for an MSA must have the same length"
            )

    def __len__(self):
        return len(self.sequences)

    def truncate(self, max_seqs: int):
        return Msa(
            sequences=self.sequences[:max_seqs],
            deletion_matrix=self.deletion_matrix[:max_seqs],
            descriptions=self.descriptions[:max_seqs],
        )


@dataclasses.dataclass(frozen=True)
class TemplateHit:
    """Class representing a template hit."""

    index: int
    name: str
    aligned_cols: int
    sum_probs: Optional[float]
    query: str
    hit_sequence: str
    indices_query: List[int]
    indices_hit: List[int]


@dataclasses.dataclass(frozen=True)
class HitMetadata:
    pdb_id: str
    chain: str
    start: int
    end: int
    length: int
    text: str

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