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根据基因名称自动获取染色体上的位置

目录

      • 一、手动查询
        • 1. 使用在线数据库(无需编程)
            • a. NCBI Gene 数据库
            • b. Ensembl 数据库
            • c. UCSC Genome Browser
      • 二、使用编程工具(适合批量查询)
            • a. 使用 BioPython(Python 库)
            • b. 使用 biomaRt(R 包)
      • 三、通过 API 接口
            • a. NCBI E-Utilities API
      • 注意事项
      • 应用场景

一、手动查询

1. 使用在线数据库(无需编程)
a. NCBI Gene 数据库
  • 网址: NCBI Gene
  • 步骤:
    输入基因名称(如 TP53 或 BRCA1)。
    在搜索结果中选择物种对应的基因条目。
    在“Genomic context”或“Genomic regions”部分查看染色体位置(如 chr17:7,668,421-7,687,624)。
b. Ensembl 数据库
  • 网址: Ensembl
  • 步骤:
    在搜索框中输入基因名称。
    进入基因页面后,查看“Location”字段(如 Chromosome 17: 7,668,421-7,687,624)。
c. UCSC Genome Browser
  • 网址: UCSC Genome Browser
    -步骤:
    在搜索栏输入基因名称。
    选择物种后,浏览器会直接跳转到该基因的染色体位置。

二、使用编程工具(适合批量查询)

a. 使用 BioPython(Python 库)
from Bio import Entrez# 设置邮箱(NCBI要求)
Entrez.email = "your_email

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