目录
- 一、手动查询
- 1. 使用在线数据库(无需编程)
- a. NCBI Gene 数据库
- b. Ensembl 数据库
- c. UCSC Genome Browser
- 二、使用编程工具(适合批量查询)
- a. 使用 BioPython(Python 库)
- b. 使用 biomaRt(R 包)
- 三、通过 API 接口
-
- 注意事项
- 应用场景
一、手动查询
1. 使用在线数据库(无需编程)
a. NCBI Gene 数据库
- 网址: NCBI Gene
- 步骤:
输入基因名称(如 TP53 或 BRCA1)。
在搜索结果中选择物种对应的基因条目。
在“Genomic context”或“Genomic regions”部分查看染色体位置(如 chr17:7,668,421-7,687,624)。
b. Ensembl 数据库
- 网址: Ensembl
- 步骤:
在搜索框中输入基因名称。
进入基因页面后,查看“Location”字段(如 Chromosome 17: 7,668,421-7,687,624)。
c. UCSC Genome Browser
- 网址: UCSC Genome Browser
-步骤:
在搜索栏输入基因名称。
选择物种后,浏览器会直接跳转到该基因的染色体位置。
二、使用编程工具(适合批量查询)
a. 使用 BioPython(Python 库)
from Bio import Entrez# 设置邮箱(NCBI要求)
Entrez.email = "your_email