VASP计算过渡态(CI-NEB)初始结构生成脚本汇总

前言：

使用VASP计算过渡态，最重要的步骤就是在得到了初态和末态结构之后，进行反应路径的插值，插值的优劣直接关系到后面的过渡态搜索的难易。现在把常用的插值脚本和使用方法，特别是在ase出现以后的idpp插值方法总结如下：

准备工作：

a.编译VTST版本的VASP：（http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm）

b.安装python环境和ASE：(https://www.bilibili.com/read/cv18586518/)

c.下载vtstscripts，并将路径放到环境变量里。

https://blog.csdn.net/qq_41230342/article/details/103179738

方法1、nebmake.pl

https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts.html

更详细请参照：https://blog.shishiruqi.com/2019/08/19/cineb/

用法：

nebmake.pl POSCAR_ini  POSCAR_fin  6

POSCAR_ ini：反应物的坐标文件

POSCAR_fin：产物的坐标文件

数字6：插入的点数

当然，这个传统的功能已经集成在vaspkit和qvasp里。

方法2、idpp脚本1(附件：idpp_lipai.py)

(https://zhuanlan.zhihu.com/p/397534264?utm_id=0)

用法：

python idpp_lipai.py

input num of images: 输入插值点的数目

ini structure：输入反应物坐标文件名

fin structure: 输入产物坐标文件名

注意代码里：

os.system("mkdir 00")

os.system("cp ini 00/POSCAR")  # 更改ini 为反应物坐标文件名

os.system("mkdir "+num)

os.system("cp fin "+num+"/POSCAR") # 更改fin 为反应物坐标文件名

方法3、idpp脚本2(附件：idpp_ponychen.py)

(https://github.com/ponychen123/Vasptools/blob/master/idpp.py)

(http://bbs.keinsci.com/thread-27778-1-1.html)

用法：

python idpp.py 6 POSCAR_ini  POSCAR_fin

POSCAR_ ini：反应物的坐标文件

POSCAR_fin：产物的坐标文件

数字6：插入的点数

方法4、idpp脚本3_基于ase(附件：makeneb.py)

（https://zhuanlan.zhihu.com/p/469883137）

用法：这个脚本有一些选项可选：

python makeneb.py -h  #查看帮助

常规用法：

python makeneb.py -i POSCAR_ini POSCAR_fin -n 6 -o --method idpp

POSCAR_ ini：反应物的坐标文件

POSCAR_fin：产物的坐标文件

数字6：插入4个点！！

–method idpp：选择idpp方法

方法5、idpp脚本4_基于ase(附件：idpp_Han.py)

(https://gitlab.com/ase/ase/-/issues/1130)

用法：原来的脚本只是用来查看反应路径的动画，加入了一段输出指令后，

就可以一次输出所有坐标文件，又能同时弹出ase gui查看动画了。

修改文件：

#Read initial and final states:

initial = read('POSCAR_ini')  # POSCAR_ ini：反应物的坐标文件

final = read('POSCAR_fin')    #POSCAR_fin：产物的坐标文件

images += [initial.copy() for i in range(6)]  #数字6：插入6个点

运行命令：

python idpp_Han.py

附件资源包括：

1. vtstcode-198.tgz
2. vtstscripts.tgz
3. idpp_lipai.py
4. idpp-ponychen.py
5. makeneb.py
6. idpp_Han.py